Pietro ALIFANO

Pietro ALIFANO

Professore I Fascia (Ordinario/Straordinario)

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19: MICROBIOLOGIA GENERALE.

Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biologiche ed Ambientali

Centro Ecotekne Pal. B - S.P. 6, Lecce - Monteroni - LECCE (LE)

Ufficio, Piano terra

Telefono +39 0832 29 8856

Professore Ordinario del SSD BIO/19 - Microbiologia generale

Area di competenza:

Microbiologia generale

Microbiologia applicata

Microbiologia ambientale

Biotecnologie microbiche

Orario di ricevimento

Martedi' ore 15:00-18:30 ed in altri momenti per appuntamento.

 

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Curriculum Vitae

Titoli di studio e carriera universitaria

  • 1985-1989 Internato di Laurea presso il Dip Biol Patol Cell Mol "L. Califano", Fac. Med. Chir., Univ. Napoli
  • 1988 Visiting scientist, Lab Mol Biology - Bacterial Genetics, NIDDKD - National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA
  • 1989 Laurea in Medicina e Chirurgia, Summa cum Laude, Univ. Napoli
  • 1990-1994 PhD in Genetica Cellulare e Molecolare, Dip Biol Patol Cell Mol "L. Califano", Univ. Napoli
  • 1994-1998  Ricercatore di Genetica Medica, Dip Biol Patol Cell Mol "L. Califano", Fac. Medicina e Chirurgia, Univ. Napoli
  • 1995 Dottore di Ricerca in Genetica Cellulare e Molecolare, Univ. Napoli
  • 1998-2011 Professore Associato di Microbiologia Generale, DiSTeBA, Fac. Scienze MM FF NN, Univ. Salento
  • 2011-2014 Professore Straordinario di Microbiologia Generale, DiSTeBA, Fac. Scienze MM FF NN, Univ. Salento
  • 2014- Professore Ordinario di Microbiologia Generale, DiSTeBA, Fac. MM FF NN, Univ. Salento

 

Incarichi accademici

  • 2009-2016 Presidente del Consiglio Didattico in Biotecnologie presso la Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali dell’Università del Salento.
  • 2013-2014 Componente del Presidio della Qualità di Ateneo - Università del Salento

 

Progetti di ricerca di cui è stato responsabile scientifico

  • 1999-2002 PRIN 1999 Basi genetiche e molecolari della patogenicità batterica. Regolazione dell'espressione di determinanti di patogenicità mediante riarrangiamenti del DNA: meccanismi molecolari responsabili della variazione antigenica e loro rilevanza eziopatogenetica nell'infezione da Neisseria meningitidis
  • 2002-2005 PRIN 2002 Basi genetiche e molecolari della patogenicità batterica. La risposta adattativa di N. meningitidis nel corso dell’interazione ospite-patogeno: risposte regolative globali attivate nel corso del processo di invasione della cellula eucariotica
  • 2002 FAR Tecnologie applicate al tabacco ed ai suoi prodotti per la riduzione del rischio del consumatore e della popolazione non fumatrice. Contratto con ETI. Svolgimento di un corso di formazione professionale per tre ricercatori in biologia molecolare applicata alle piante ed alla microbiologia
  • 2004 FAR Applicazione delle nuove tecnologie – nanomateriali e biotecnologie – ai prodotti del tabacco. Contratto con ETI. Svolgimento di un corso di formazione professionale per tre ricercatori in biologia molecolare applicata alle piante ed alla microbiologia e due tecnici di ricerca nella biologia molecolare
  • 2003-2006 FAR Applicazione delle nuove tecnologie – nanomateriali e biotecnologie – ai prodotti del tabacco. Contratto con ETI. Ottimizzazione del processo di fermentazione del tabacco per sigari
  • 2004-2007 PRIN 2004 Basi genetiche e molecolari della patogenicità batterica. Identificazione ed analisi funzionale di nuovi determinanti di virulenza di N. meningitidis mediante lo studio delle risposte regolative globali attivate dai batteri nel corso del processo di invasione della cellula eucariotica
  • 2005-2007 FAR Studio e messa a punto di tecnologie avanzate applicate a microrganismi di interesse industriale. Contratto con SANOFI AVENTIS. Meccanismi di regolazione nella produzione di eritromicina
  • 2007 FAR Studio e messa a punto di tecnologie avanzate applicate a microrganismi di interesse industriale. Contratto con SANOFI AVENTIS. Formazione di ricercatori altamente qualificati nello studio e messa a punto di nuove tecnologie avanzate applicate a microrganismi di interesse industriale
  • 2007 British-Italian Partnership Programme for Researchers finanziato da British Council, MIUR e CRUI. The evolution of acquisition of carbon energy sources by the human pathogen N. meningitidis: evidence for a new relationship between metabolism and emergence of virulence in bacteria
  • 2007-2009 PRIN 2006 Basi genetiche e molecolari della patogenicità batterica. Identificazione e caratterizzazione funzionale di nuovi determinanti di virulenza di N. meningitidis coinvolti nel processo di invasione della cellula eucariotica, nella proliferazione intracellulare e nella disseminazione cellula-cellula in un modello di infezione in vitro
  • 2010-2012 PRIN 2008 Patogenicità batterica e sviluppo di vaccini. Studio della fase intracellulare del ciclo infettivo di N. meningitidis in un modello di infezione in vitro
  • 2011-2014 PON "Ricerca e Competitività" 2007-2013. SANOFI AVENTIS capofila. Studio di nuove tecnologie e piattaforme tecnologiche per il miglioramento di processi produttivi di principi attivi farmaceutici di interesse industriale e ricerca di nuove molecole bioattive da sorgenti naturali
  • 2014- PRIN 2012 Modelli d'interazione tra microrganismi e ospite nelle infezioni mucosali per lo sviluppo di strategie terapeutiche innovative
     

Premio 

  • Premio SIBBM 1992 per il miglior lavoro nei settori della Biologia Molecolare e della Biofisica pubblicato da un giovane ricercatore nell’anno 1991

 

Didattica

A.A. 2019/2020

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Degree course COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Course type Laurea Magistrale

Language INGLESE

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 48.0

Year taught 2019/2020

For matriculated on 2019/2020

Course year 1

Structure DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Subject matter PERCORSO COMUNE

Location Lecce

MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES

Degree course BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Course type Laurea Magistrale

Language INGLESE

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 50.0

Year taught 2019/2020

For matriculated on 2019/2020

Course year 1

Structure DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Subject matter PERCORSO GENERICO/COMUNE

Location Lecce

MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Tipo corso di studio Laurea

Lingua ITALIANO

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 66.0

Anno accademico di erogazione 2019/2020

Per immatricolati nel 2018/2019

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Tipo corso di studio Laurea

Lingua ITALIANO

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 50.0

Anno accademico di erogazione 2019/2020

Per immatricolati nel 2018/2019

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO COMUNE

A.A. 2018/2019

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Degree course COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Course type Laurea Magistrale

Language INGLESE

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 48.0

Year taught 2018/2019

For matriculated on 2018/2019

Course year 1

Structure DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Subject matter PERCORSO COMUNE

Location Lecce

MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES

Degree course BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Course type Laurea Magistrale

Language INGLESE

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 50.0

Year taught 2018/2019

For matriculated on 2018/2019

Course year 1

Structure DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Subject matter PERCORSO GENERICO/COMUNE

Location Lecce

MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Tipo corso di studio Laurea

Lingua ITALIANO

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 66.0

Anno accademico di erogazione 2018/2019

Per immatricolati nel 2017/2018

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Tipo corso di studio Laurea

Lingua ITALIANO

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 52.0

Anno accademico di erogazione 2018/2019

Per immatricolati nel 2017/2018

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO COMUNE

A.A. 2017/2018

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Degree course COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Course type Laurea Magistrale

Language INGLESE

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 48.0

Year taught 2017/2018

For matriculated on 2017/2018

Course year 1

Structure DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Subject matter PERCORSO COMUNE

Location Lecce

MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES

Degree course BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Course type Laurea Magistrale

Language INGLESE

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 52.0

Year taught 2017/2018

For matriculated on 2017/2018

Course year 1

Structure DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Subject matter PERCORSO GENERICO/COMUNE

Location Lecce

MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Tipo corso di studio Laurea

Lingua ITALIANO

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 68.0

Anno accademico di erogazione 2017/2018

Per immatricolati nel 2016/2017

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Tipo corso di studio Laurea

Lingua ITALIANO

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 55.0

Anno accademico di erogazione 2017/2018

Per immatricolati nel 2016/2017

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO COMUNE

A.A. 2016/2017

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Corso di laurea COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 48.0 Ore Studio individuale: 102.0

Anno accademico di erogazione 2016/2017

Per immatricolati nel 2016/2017

Anno di corso 1

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO COMUNE

Sede Lecce - Università degli Studi

MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 52.0 Ore Studio individuale: 98.0

Anno accademico di erogazione 2016/2017

Per immatricolati nel 2016/2017

Anno di corso 1

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE

Sede Lecce - Università degli Studi

MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 68.0 Ore Studio individuale: 132.0

Anno accademico di erogazione 2016/2017

Per immatricolati nel 2015/2016

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 55.0 Ore Studio individuale: 95.0

Anno accademico di erogazione 2016/2017

Per immatricolati nel 2015/2016

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO COMUNE

A.A. 2015/2016

BIOTECNOLOGIE MICROBICHE

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 52.0 Ore Studio individuale: 98.0

Anno accademico di erogazione 2015/2016

Per immatricolati nel 2015/2016

Anno di corso 1

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE

Sede Lecce - Università degli Studi

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Corso di laurea COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 48.0 Ore Studio individuale: 102.0

Anno accademico di erogazione 2015/2016

Per immatricolati nel 2015/2016

Anno di corso 1

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO COMUNE

Sede Lecce - Università degli Studi

MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 68.0 Ore Studio individuale: 132.0

Anno accademico di erogazione 2015/2016

Per immatricolati nel 2014/2015

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 55.0 Ore Studio individuale: 95.0

Anno accademico di erogazione 2015/2016

Per immatricolati nel 2014/2015

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO COMUNE

A.A. 2014/2015

BIOTECNOLOGIE MICROBICHE

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 52.0 Ore Studio individuale: 98.0

Anno accademico di erogazione 2014/2015

Per immatricolati nel 2014/2015

Anno di corso 1

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE

Sede Lecce - Università degli Studi

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Corso di laurea COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 48.0 Ore Studio individuale: 102.0

Anno accademico di erogazione 2014/2015

Per immatricolati nel 2014/2015

Anno di corso 1

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO COMUNE

Sede Lecce - Università degli Studi

MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 68.0 Ore Studio individuale: 132.0

Anno accademico di erogazione 2014/2015

Per immatricolati nel 2013/2014

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 55.0 Ore Studio individuale: 95.0

Anno accademico di erogazione 2014/2015

Per immatricolati nel 2013/2014

Anno di corso 2

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO COMUNE

A.A. 2013/2014

BIOTECNOLOGIE MICROBICHE

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 52.0 Ore Studio individuale: 98.0

Anno accademico di erogazione 2013/2014

Per immatricolati nel 2013/2014

Anno di corso 1

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE

Sede Lecce - Università degli Studi

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Corso di laurea COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 48.0 Ore Studio individuale: 102.0

Anno accademico di erogazione 2013/2014

Per immatricolati nel 2013/2014

Anno di corso 1

Struttura DIPARTIMENTO DI SCIENZE E TECNOLOGIE BIOLOGICHE ED AMBIENTALI

Percorso PERCORSO COMUNE

Sede Lecce - Università degli Studi

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ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Degree course COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Subject area BIO/19

Course type Laurea Magistrale

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 48.0

For matriculated on 2019/2020

Year taught 2019/2020

Course year 1

Semestre Primo Semestre (dal 07/10/2019 al 24/01/2020)

Language INGLESE

Subject matter PERCORSO COMUNE (999)

Location Lecce

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (BIO/19)
MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES

Degree course BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Subject area BIO/19

Course type Laurea Magistrale

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 50.0

For matriculated on 2019/2020

Year taught 2019/2020

Course year 1

Semestre Primo Semestre (dal 30/09/2019 al 17/01/2020)

Language INGLESE

Subject matter PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

Location Lecce

MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES (BIO/19)
MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 66.0

Per immatricolati nel 2018/2019

Anno accademico di erogazione 2019/2020

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 02/03/2020 al 05/06/2020)

Lingua ITALIANO

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

MICROBIOLOGIA (BIO/19)
MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 50.0

Per immatricolati nel 2018/2019

Anno accademico di erogazione 2019/2020

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 09/03/2020 al 19/06/2020)

Lingua ITALIANO

Percorso PERCORSO COMUNE (999)

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE (BIO/19)
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Degree course COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Subject area BIO/19

Course type Laurea Magistrale

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 48.0

For matriculated on 2018/2019

Year taught 2018/2019

Course year 1

Semestre Primo Semestre (dal 08/10/2018 al 25/01/2019)

Language INGLESE

Subject matter PERCORSO COMUNE (999)

Location Lecce

No formal propedeuticity is required with respect to other courses. However basic knowledge of general microbiology is strongly recommended.

Program of Lectures

Microbial evolution and systematics. Early Earth and the origin and diversification of life; formation and early history of Earth; origin of cellular life; microbial diversification; endosymbiotic origin of eukaryotes. Microbial evolution; the evolutionary process; evolutionary analysis: theoretical aspects and analytical methods.; microbial phylogeny; applications of SSU rRNA phylogenetic methods. Microbial systematics; phenotypic analysis; genotypic analysis; phylogenetic analysis; the species concept in microbiology; classification and nomenclature.

Prokaryotic diversity: the Bacteria. Bacterial phylogenesis. Phylum 1: Proteobacteria; Phylum 2 and 3: Gram-positive bacteria and Actinobacteria. Phylum 4: Cyanobacteria and Prochlorophytes; Phylum 5: Chlamydia; Phylum 6: Planctomyces/Pirellula; Phylum 7: Verrucomicrobia; Phylum 8: Flavobacteria; Phylum 9: the Cytophaga group; Phylum 10: Green-sulphur bacteria; Phylum 11: Spirochetes; Phylum 12: Deinococci; Phylum 13: Green non-sulphur bacteria; Phylum 14-16: deeply branching hypertermophilic bacteria; Phylum 17 and 18: Nitrospira and Deferribacter.

Prokaryotic diversity: the Archaea. Phylogeny and general metabolism. Phylum euryarchaeota; Phylum Crenarchaeota; Phylum Nanoarchaeota; Evolution and life at high temperature.

Metabolic diversity. The phototrophic way of life; chemolithotrophy: energy from the oxidation of inorganic electron donors; the anaerobic way of life: anaerobic respirations; the anaerobic way of life: fermentations and syntrophy; hydrocarbon oxidation and the role of O2 in the catabolism of organic compounds; nitrogen fixation.

Methods in microbial ecology. Culture-dependent analyses of microbial communities; molecular (culture-independent) analyses of microbial communities; measuring microbial activities in Nature.

Microbial ecology. Microbial ecosystems; soil and freshwater microbial habitats; marine microbiology; the carbon and oxygen cycles; other key nutrient cycles; microbial bioremediation; microbial interactions with plants.

Course outline and aims

This course aims at providing students with an in-depth knowledge of the current view of microbial evolution and systematic, and the continuing roles played by microbes in the environment. Major methodological approaches to environmental microbiology including their powers and limitations will be also discussed.

 

Learning outcomes

Knowledge to be attained:
• Current views on the origin of life and the evolution of the major microbial taxa
• Current views on metabolic diversity in microbial world
• Special bacteriology: major Bacteria and Archaea taxa
• Microbial ecology: Key roles played by microbes in the aquatic and terrestrial environment including soil structure, element cycles, genesis and breakdown of fossil fuels and contribution to geological processes
• Microbial ecology: Detrimental roles played by microbes in pollution and the beneficial roles played by microbes in wastewater treatment and bioremediation
• Microbial ecology: interactions of microorganisms with other organisms.
• Methods in microbial ecology

Abilities to be attained:
• Culture-based and culture-independent methods in microbial systematic and ecology
• Methods to study microbial phylogeny
• Construction of phylogenetic trees

 

Learning methods consist of formal lectures and integrative lectures making use of slides and hypertext links to specific Web sites. Outside these activities, the students are expected to read assigned papers from the scientific literature.

Oral examination. It is aimed at ascertaining, in proportion:
- The level of theoretical knowledge through the presentation of the program topics (50%)
- The level of practical abilities through description of methods and methodologies (25%)
- The ability to apply theoretical knowledge and practical skills to solve simple problems (25%)

• M. T. Madigan, J. M. Martinko, P. V. Dunlap, D. P. Clark. Brock Biology of Microorganisms. 12th Edition. ISBN: 0-13-232460-1. 2010 PEARSON EDUCATION, INC. PUBLISHED BY BENJAMIN CUMMINGS © 2009.

• R. M. Maier, I. L. Pepper, C. P. Gerba. Environmental Microbiology. 2nd Edition. ISBN: 0123705193. SEPTEMBER 2008. PUBLISHED BY ELSEVIER SCIENCE.

• I. L. Pepper, C. Gerba, C. P. Gerba. Environmental Microbiology: A laboratory manual.

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (BIO/19)
MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES

Degree course BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Subject area BIO/19

Course type Laurea Magistrale

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 50.0

For matriculated on 2018/2019

Year taught 2018/2019

Course year 1

Semestre Primo Semestre (dal 01/10/2018 al 11/01/2019)

Language INGLESE

Subject matter PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

Location Lecce

No formal prerequisite is required with respect to other courses.
However basic knowledge of general microbiology, basic immunology and microbial genetics is strongly recommended. This knowledge is normally acquired in the bachelor’s degrees that give access to the master’s degree in Medical Biotechnology and Nanobiotechnology.

Programs of Lectures and Labs

Lectures
Part 1. Microbial virulence and vaccines
Microbial and viral pathogenesis. Host-microbes interaction: positive interactions. The human microbiota. The stable normal flora of skin, oral cavity, respiratory tract, intestinal tract, urogenital tract. Probiotics. The gut metagenome. Host-microbes interaction: negative interactions. Infectivity, pathogenicity and virulence. The Koch’s postulates and their molecular version. “Alien” DNA and evolution of virulence and drug resistance. Virulence factors and toxins. Adhesion, invasion, growth/survival in host microenvironments. Quorum sensing. Biofilm. Evasion of innate and adaptive immunity. Regulation of virulence genes. Powerful approaches to study the microbial virulence: Signature-tagged mutagenesis (STM); In vivo expression technology (IVET)
Vaccines. Historical notes on vaccines. Immunological principles. Conventional vaccines: killed or inactivated vaccines, attenuated live vaccines, subunit vaccines. Recombinant vaccines: recombinant viral vaccine, recombinant bacterial vaccine, genetically-attenuated live vaccines, edible vaccines. Reverse vaccinology.

Part 2. Drugs from microorganisms
Bioactive compounds from microorganisms. Chemical diversity and structural classes. Biological activity (antibiotic, antifungal, antiprotozoal, immunosuppressive, anticancer, etc.). Biosynthetic pathways: synthesis of precursor substrates, polyketides and polyketide synthase (PKS), oligopeptides and NRPS, PKS_NRPS hybrid systems, oligopeptides of ribosomal origin, oligosaccharides and terpenes, the main decoration reactions; manipulation of biosynthetic pathways.
Actinomycetes producing bioactive compounds. The life cycle and life style of the actinomycetes. Regulation of secondary metabolite biosynthesis: pathway-specific and pleiotropic regulators, extracellular signals, influence of nutrients. Strain improvement with classical methods and genetic engineering. Genome and transcriptome analysis of actinomycetes. New drug discovery by genome mining.

Labs
Large-scale microbial cultivation for industrial purposes. The growth curve. Discontinuous or batch fermentation. Continuous fermentation. Fed-batch fermentation.

Course outline and aims

The course aims to provide knowledge and skills to work professionally with roles of responsibility in the areas of medical biotechnology and nanobiotechnology which make use of micro-organisms or viruses (natural or genetically modified, whole or parts thereof) or which develop diagnostic devices and therapeutic to combat infectious and non-infectious diseases.

 

Learning outcomes

Knowledge to be attained:
• molecular and cellular mechanisms underlying microbial and viral pathogenicity
• methodological foundations for design and development of vaccines
• methodological foundations for discovery and production of bioactive compounds from microorganisms

Abilities to be attained:
• New drug discovery from microorganisms by bioassays and genome mining
• Mutate-and-screen methods for microbial strain improvement
• Cultivation of microorganisms in stirred-tank bioreactors

Learning methods consist of formal Lectures and Labs making use of slides and hypertext links to specific Web sites. Outside these activities, the students are expected to read assigned papers from the scientific literature.

Oral examination. It is aimed at ascertaining, in proportion:
- The level of theoretical knowledge through the presentation of the program topics (50%)
- The level of practical abilities through description of methods and methodologies (25%)
- The ability to apply theoretical knowledge and practical skills to solve simple problems (25%)

• G. Dehò, E. Galli. Biologia dei microrganismi. Edizione 2014. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.
• S. Donadio, G. Marino. Biotecnologie microbiche. Edizione 2008. Casa Editrice Ambrosiana.

• M. Madigan, J. Martinko, K. Bender, D. Buckley, D. Stahl. Brock Biology of Microorganisms (14th Edition). Global Edition. Pearson.
• Y. K. Lee. Microbial Biotechnology (Third Edition). World Scientific.

MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES (BIO/19)
MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 66.0

Per immatricolati nel 2017/2018

Anno accademico di erogazione 2018/2019

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 04/03/2019 al 31/05/2019)

Lingua ITALIANO

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

Il Corso non prevede propedeuticità. Tuttavia, ai fini di un più proficuo apprendimento di alcuni contenuti del corso sono necessarie le conoscenze di base acquisite nel primo anno del corso di studio nell’ambito della matematica, della fisica, della chimica organica e della citologia e istologia animale e vegetale.

Programma delle lezioni e delle esercitazioni/laboratori

Programma delle lezioni

Il mondo microbico. Composizione del mondo microbico (procarioti, eucarioti, virus).
Struttura ed ultrastruttura della cellula batterica. I batteri gram-positivi e gram-negativi: caratteristiche generali. Struttura e sintesi della parete cellulare. Struttura e funzione della membrana citoplasmatica. La membrana esterna: il lipopolisaccaride e le porine. Proteine di membrana e sistemi di trasporto. Gli organelli citoplasmatici. La capsula. I flagelli ed i pili. Il processo di chemiotassi. La spora batterica. Organizzazione del materiale genetico: il nucleoide. Gli Archea: un altro modello di cellula procariotica.
Nutrizione e metabolismo dei microrganismi. La nutrizione microbica. Le diverse fonti energetiche utilizzabili dai microrganismi e le attività riferibili al metabolismo energetico. Processi aerobici (respirazione aerobica) e anaerobici (fermantazioni). Le principali vie fermentative microbiche: fermentazione alcolica, lattica, acido-mista, butandiolica, propionica, butirrica. Fotosintesi nei batteri. Il processo di fissazione dell’azoto e della CO2. Assimilazione di fosforo, zolfo ed azoto inorganici. La metanogenesi negli Archea. I processi biosintetici nel metabolismo microbico.
Crescita e coltura dei microrganismi. Il processo di divisione cellulare nei batteri. La curva di crescita. La misurazione della crescita microbica. Il controllo della crescita microbica. I terreni di coltura e lo studio delle proprietà biochimiche dei procarioti in coltura. L’effetto dell’ambiente sulla crescita microbica. Gli Archea e gli ambienti estremi.
Principi di classificazione e filogenesi microbica. I criteri di base della sistematica microbiologica. Identificazione tassonomica dei microrganismi. I principali gruppi di eubatteri, actinomiceti, archea, eumiceti e microalghe. Fondamenti di ecologia microbica: i fattori che influenzano la colonizzazione e lo sviluppo microbico. I microrganismi negli ecosistemi naturali. I principali microrganismi agenti di malattie dell’uomo, degli animali e delle piante. Microrganismi di interesse industriale.
Genetica microbica e manipolazione dell’espressione genica nei procarioti. Struttura e funzione dei genomi procariotici. Gli elementi genetici. Le mutazioni. I meccanismi di riparazione. La sessualità nei batteri. Il riassortimento del materiale genetico. Variazione di fase ed antigenica. I plasmidi ed il loro significato biologico. Il processo di coniugazione. La trasformazione e la trasduzione. Operoni e Reguloni. Regolazione dell’espressione genica nei microrganismi: induzione e repressione. Livelli di regolazione dell’espressione genica: trascrizionale, post-trascrizionale, traduzionale, post-traduzionale. La sporulazione ed i processi di differenziamento nei batteri. L’era della post-genomica: nuove metodologie per l’analisi funzionale dei genomi procariotici.

I virus. Caratteristiche generali e classificazione. Coltivazione dei virus. Purificazione dei virus e metodi di saggio. Batteriofagi. Ciclo litico e ciclo lisogenico. Virus animali. Infezioni citocide e danno cellulare. Infezioni persistenti, latenti e da virus lenti. Virus e cancro. Virus vegetali. Viroidi e prioni.

 

Programma delle esercitazioni/laboratori
Tecniche microbiologiche. Colorazione ed osservazione dei batteri al microscopio; Preparazione e sterilizzazione dei terreni di coltura; Colture microbiche; Determinazione quantitativa dei batteri; Identificazione dei batteri con sistemi biochimici; Screening di microrganismi antibiotico-produttori da campioni di suolo o marini.

Breve presentazione e obiettivi del corso

Il corso ha l’obiettivo di fornire le competenze di base, nell’ambito della microbiologia, necessarie per operare, con ruoli tecnico-operativi, nei diversi settori delle biotecnologie che fanno uso di microrganismi o virus, naturali o geneticamente modificati, interi o loro parti, o che sviluppano dispositivi diagnostici e terapeutici per contrastare le malattie infettive. Il corso fornisce altresì le basi culturali e metodologiche per accedere a successivi approfondimenti nell’ambito delle biotecnologie microbiche.

 

Risultati di apprendimento previsti

Conoscenze da acquisire:
• struttura e ultrastruttura della cellula batterica
• nutrizione e metabolismo dei microrganismi
• crescita e coltivazione dei microrganismi
• principi di classificazione e filogenesi microbica
• interazione dei microrganismi con l’ambiente e con gli altri organismi
• genetica microbica e tecniche di manipolazione dei microrganismi
• i virus: caratteristiche generali e classificazione
• patogenicità microbica e virale, e meccanismi di difesa dell’ospite

Abilità da acquisire:
• metodi di isolamento di microrganismi
• metodi di crescita e coltivazione dei microrganismi in piccola scala
• metodi di colorazione e di osservazione dei microrganismi al microscopio ottico
• metodi di identificazione dei microrganismi mediante analisi fenotipica e molecolare
• metodi di analisi della resistenza microbica ad antibiotici

La modalità di erogazione della didattica è del tipo tradizionale, con 7 CFU di lezioni frontali in aula e 1 CFU di attività di laboratorio. Le lezioni in aula prevedono l’utilizzo di diapositive, talora con collegamenti ipertestuali a specifiche pagine Web.

La valutazione degli studenti è effettuata mediante prova orale. E’ mirata ad accertare, in misura proporzionale:
- Il livello delle conoscenze teoriche acquisite, attraverso la presentazione di argomenti del programma (50%)
- Il livello delle abilità pratiche acquisite, attraverso la descrizione di metodiche e metodologie (25%)
- La capacità di applicare le conoscenze teoriche e le abilità pratiche acquisite alla soluzione di problemi semplici (25%)

• G. Dehò, E. Galli. Biologia dei microrganismi. Edizione 2014. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.

• M. T. Madigan, J. M. Martinko, D. A. Stahl, D. P. Clark. Brock, Biologia dei microrganismi. Vol.1, 2, 3. Edizione 2012. Pearson.

• M. Willey, M. Sherwood, J. Woolverton. Prescott, Microbiologia. Vol. 1, 2, 3. Edizione 2009. McGraw-Hill.

• S. Donadio, G. Marino. Biotecnologie microbiche. Edizione 2008. Casa Editrice Ambrosiana.

MICROBIOLOGIA (BIO/19)
MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 52.0

Per immatricolati nel 2017/2018

Anno accademico di erogazione 2018/2019

Anno di corso 2

Lingua ITALIANO

Percorso PERCORSO COMUNE (999)

Ai fini di un più proficuo apprendimento di alcuni contenuti del corso sono necessarie le conoscenze di base nell’ambito della matematica, della fisica, della chimica organica e della biologia generale.

I microrganismi procariotici: Bacteria ed Archaea. I microrganismi eucariotici: Protozoi, Funghi ed Alghe. Struttura cellulare. Metabolismo microbico: la vita in aerobiosi ed in anaerobiosi. Classi nutrizionali. Studio della crescita microbica. Controllo della crescita microbica. Ruolo dei microrganismi in natura: i cicli degli elementi. Ecologia microbica ed ecosistemi microbici. I microrganismi nei diversi comparti ambientali: atmosfera, idrosfera, suolo e ambienti estremi. Interazioni microrganismi-piante e microrganismi-animali. Ruolo dei microrganismi nel biorisanamento: lisciviazione microbica dei metalli, degradazione di composti organici naturali e di sintesi. Microbiologia delle acque reflue, depurazione delle acque e malattie microbiche trasmesse con l’acqua. Metodi e strategie per studi di ecologia microbica: analisi delle comunità microbiche con metodi colturali e molecolari. Tecniche microbiologiche di base: Metodi di microscopia, tecniche di sterilizzazione, preparazione di terreni di coltura, isolamento di microrganismi e tecniche di identificazione microbica.

Il corso ha l’obiettivo di fornire le competenze di base, nell’ambito della microbiologia ambientale, necessarie per operare, con ruoli tecnico-operativi, negli ambiti delle scienze e tecnologie ambientali che fanno uso di microrganismi o ne rilevano la presenza in varie matrici. Fornisce, inoltre, le basi culturali per accedere a successivi percorsi formativi che più ampiamente sviluppano temi come il ruolo dei microrganismi nei cicli biogeochimici, e il loro impiego nei processi di biorisanamento e nella produzione di biogas.

La modalità di erogazione della didattica è del tipo tradizionale, con 5 CFU di lezioni frontali in aula e 1 CFU di attività di laboratorio. Le lezioni in aula prevedono l’utilizzo di diapositive, talora con collegamenti ipertestuali a specifiche pagine Web.

Il conseguimento dei crediti attribuiti è ottenuto mediante esame integrato consistente in una prova orale con votazione finale in trentesimi ed eventuale lode.
La prova è volta ad accertare:
- il livello delle conoscenze teoriche acquisite, attraverso la presentazione di argomenti del programma;
- il livello delle abilità pratiche acquisite, attraverso la descrizione di metodiche e metodologie;
- la capacità di applicare le conoscenze teoriche e le abilità pratiche acquisite alla soluzione di problemi semplici.

• G. Dehò, E. Galli. Biologia dei microrganismi. Edizione 2014. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.

• M. T. Madigan, J. M. Martinko, D. A. Stahl, D. P. Clark. Brock, Biologia dei microrganismi. Vol.1, 2, 3. Edizione 2012. Pearson.

• M. Willey, M. Sherwood, J. Woolverton. Prescott, Microbiologia. Vol. 1, 2, 3. Edizione 2009. McGraw-Hill.

• P. Barbieri, G. Bestetti, E. Galli, D. Zanoni. Microbiologia ambientale ed elementi di ecologia microbica. Edizione 2008. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE (BIO/19)
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Degree course COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Subject area BIO/19

Course type Laurea Magistrale

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 48.0

For matriculated on 2017/2018

Year taught 2017/2018

Course year 1

Semestre Primo Semestre (dal 02/10/2017 al 19/01/2018)

Language INGLESE

Subject matter PERCORSO COMUNE (999)

Location Lecce

No formal propedeuticity is required with respect to other courses. However basic knowledge of general microbiology is strongly recommended.

Program of Lectures

Microbial evolution and systematics. Early Earth and the origin and diversification of life; formation and early history of Earth; origin of cellular life; microbial diversification; endosymbiotic origin of eukaryotes. Microbial evolution; the evolutionary process; evolutionary analysis: theoretical aspects and analytical methods.; microbial phylogeny; applications of SSU rRNA phylogenetic methods. Microbial systematics; phenotypic analysis; genotypic analysis; phylogenetic analysis; the species concept in microbiology; classification and nomenclature.

Prokaryotic diversity: the Bacteria. Bacterial phylogenesis. Phylum 1: Proteobacteria; Phylum 2 and 3: Gram-positive bacteria and Actinobacteria. Phylum 4: Cyanobacteria and Prochlorophytes; Phylum 5: Chlamydia; Phylum 6: Planctomyces/Pirellula; Phylum 7: Verrucomicrobia; Phylum 8: Flavobacteria; Phylum 9: the Cytophaga group; Phylum 10: Green-sulphur bacteria; Phylum 11: Spirochetes; Phylum 12: Deinococci; Phylum 13: Green non-sulphur bacteria; Phylum 14-16: deeply branching hypertermophilic bacteria; Phylum 17 and 18: Nitrospira and Deferribacter.

Prokaryotic diversity: the Archaea. Phylogeny and general metabolism. Phylum euryarchaeota; Phylum Crenarchaeota; Phylum Nanoarchaeota; Evolution and life at high temperature.

Metabolic diversity. The phototrophic way of life; chemolithotrophy: energy from the oxidation of inorganic electron donors; the anaerobic way of life: anaerobic respirations; the anaerobic way of life: fermentations and syntrophy; hydrocarbon oxidation and the role of O2 in the catabolism of organic compounds; nitrogen fixation.

Methods in microbial ecology. Culture-dependent analyses of microbial communities; molecular (culture-independent) analyses of microbial communities; measuring microbial activities in Nature.

Microbial ecology. Microbial ecosystems; soil and freshwater microbial habitats; marine microbiology; the carbon and oxygen cycles; other key nutrient cycles; microbial bioremediation; microbial interactions with plants.

Course outline and aims

This course aims at providing students with an in-depth knowledge of the current view of microbial evolution and systematic, and the continuing roles played by microbes in the environment. Major methodological approaches to environmental microbiology including their powers and limitations will be also discussed.

 

Learning outcomes

Knowledge to be attained:
• Current views on the origin of life and the evolution of the major microbial taxa
• Current views on metabolic diversity in microbial world
• Special bacteriology: major Bacteria and Archaea taxa
• Microbial ecology: Key roles played by microbes in the aquatic and terrestrial environment including soil structure, element cycles, genesis and breakdown of fossil fuels and contribution to geological processes
• Microbial ecology: Detrimental roles played by microbes in pollution and the beneficial roles played by microbes in wastewater treatment and bioremediation
• Microbial ecology: interactions of microorganisms with other organisms.
• Methods in microbial ecology

Abilities to be attained:
• Culture-based and culture-independent methods in microbial systematic and ecology
• Methods to study microbial phylogeny
• Construction of phylogenetic trees

 

Learning methods consist of formal lectures and integrative lectures making use of slides and hypertext links to specific Web sites. Outside these activities, the students are expected to read assigned papers from the scientific literature.

Oral examination. It is aimed at ascertaining, in proportion:
- The level of theoretical knowledge through the presentation of the program topics (50%)
- The level of practical abilities through description of methods and methodologies (25%)
- The ability to apply theoretical knowledge and practical skills to solve simple problems (25%)

• M. T. Madigan, J. M. Martinko, P. V. Dunlap, D. P. Clark. Brock Biology of Microorganisms. 12th Edition. ISBN: 0-13-232460-1. 2010 PEARSON EDUCATION, INC. PUBLISHED BY BENJAMIN CUMMINGS © 2009.

• R. M. Maier, I. L. Pepper, C. P. Gerba. Environmental Microbiology. 2nd Edition. ISBN: 0123705193. SEPTEMBER 2008. PUBLISHED BY ELSEVIER SCIENCE.

• I. L. Pepper, C. Gerba, C. P. Gerba. Environmental Microbiology: A laboratory manual.

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (BIO/19)
MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES

Degree course BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Subject area BIO/19

Course type Laurea Magistrale

Credits 6.0

Teaching hours Ore Attività frontale: 52.0

For matriculated on 2017/2018

Year taught 2017/2018

Course year 1

Semestre Primo Semestre (dal 02/10/2017 al 12/01/2018)

Language INGLESE

Subject matter PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

Location Lecce

No formal prerequisite is required with respect to other courses.
However basic knowledge of general microbiology, basic immunology and microbial genetics is strongly recommended. This knowledge is normally acquired in the bachelor’s degrees that give access to the master’s degree in Medical Biotechnology and Nanobiotechnology.

Programs of Lectures and Labs

Lectures
Part 1. Microbial virulence and vaccines
Microbial and viral pathogenesis. Host-microbes interaction: positive interactions. The human microbiota. The stable normal flora of skin, oral cavity, respiratory tract, intestinal tract, urogenital tract. Probiotics. The gut metagenome. Host-microbes interaction: negative interactions. Infectivity, pathogenicity and virulence. The Koch’s postulates and their molecular version. “Alien” DNA and evolution of virulence and drug resistance. Virulence factors and toxins. Adhesion, invasion, growth/survival in host microenvironments. Quorum sensing. Biofilm. Evasion of innate and adaptive immunity. Regulation of virulence genes. Powerful approaches to study the microbial virulence: Signature-tagged mutagenesis (STM); In vivo expression technology (IVET)
Vaccines. Historical notes on vaccines. Immunological principles. Conventional vaccines: killed or inactivated vaccines, attenuated live vaccines, subunit vaccines. Recombinant vaccines: recombinant viral vaccine, recombinant bacterial vaccine, genetically-attenuated live vaccines, edible vaccines. Reverse vaccinology.

Part 2. Drugs from microorganisms
Bioactive compounds from microorganisms. Chemical diversity and structural classes. Biological activity (antibiotic, antifungal, antiprotozoal, immunosuppressive, anticancer, etc.). Biosynthetic pathways: synthesis of precursor substrates, polyketides and polyketide synthase (PKS), oligopeptides and NRPS, PKS_NRPS hybrid systems, oligopeptides of ribosomal origin, oligosaccharides and terpenes, the main decoration reactions; manipulation of biosynthetic pathways.
Actinomycetes producing bioactive compounds. The life cycle and life style of the actinomycetes. Regulation of secondary metabolite biosynthesis: pathway-specific and pleiotropic regulators, extracellular signals, influence of nutrients. Strain improvement with classical methods and genetic engineering. Genome and transcriptome analysis of actinomycetes. New drug discovery by genome mining.

Labs
Large-scale microbial cultivation for industrial purposes. The growth curve. Discontinuous or batch fermentation. Continuous fermentation. Fed-batch fermentation.

Course outline and aims

The course aims to provide knowledge and skills to work professionally with roles of responsibility in the areas of medical biotechnology and nanobiotechnology which make use of micro-organisms or viruses (natural or genetically modified, whole or parts thereof) or which develop diagnostic devices and therapeutic to combat infectious and non-infectious diseases.

 

Learning outcomes

Knowledge to be attained:
• molecular and cellular mechanisms underlying microbial and viral pathogenicity
• methodological foundations for design and development of vaccines
• methodological foundations for discovery and production of bioactive compounds from microorganisms

Abilities to be attained:
• New drug discovery from microorganisms by bioassays and genome mining
• Mutate-and-screen methods for microbial strain improvement
• Cultivation of microorganisms in stirred-tank bioreactors

Learning methods consist of formal Lectures and Labs making use of slides and hypertext links to specific Web sites. Outside these activities, the students are expected to read assigned papers from the scientific literature.

Oral examination. It is aimed at ascertaining, in proportion:
- The level of theoretical knowledge through the presentation of the program topics (50%)
- The level of practical abilities through description of methods and methodologies (25%)
- The ability to apply theoretical knowledge and practical skills to solve simple problems (25%)

• G. Dehò, E. Galli. Biologia dei microrganismi. Edizione 2014. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.
• S. Donadio, G. Marino. Biotecnologie microbiche. Edizione 2008. Casa Editrice Ambrosiana.

• M. Madigan, J. Martinko, K. Bender, D. Buckley, D. Stahl. Brock Biology of Microorganisms (14th Edition). Global Edition. Pearson.
• Y. K. Lee. Microbial Biotechnology (Third Edition). World Scientific.

MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES (BIO/19)
MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 68.0

Per immatricolati nel 2016/2017

Anno accademico di erogazione 2017/2018

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 05/03/2018 al 01/06/2018)

Lingua ITALIANO

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

Il Corso non prevede propedeuticità. Tuttavia, ai fini di un più proficuo apprendimento di alcuni contenuti del corso sono necessarie le conoscenze di base acquisite nel primo anno del corso di studio nell’ambito della matematica, della fisica, della chimica organica e della citologia e istologia animale e vegetale.

Programma delle lezioni e delle esercitazioni/laboratori

Programma delle lezioni

Il mondo microbico. Composizione del mondo microbico (procarioti, eucarioti, virus).
Struttura ed ultrastruttura della cellula batterica. I batteri gram-positivi e gram-negativi: caratteristiche generali. Struttura e sintesi della parete cellulare. Struttura e funzione della membrana citoplasmatica. La membrana esterna: il lipopolisaccaride e le porine. Proteine di membrana e sistemi di trasporto. Gli organelli citoplasmatici. La capsula. I flagelli ed i pili. Il processo di chemiotassi. La spora batterica. Organizzazione del materiale genetico: il nucleoide. Gli Archea: un altro modello di cellula procariotica.
Nutrizione e metabolismo dei microrganismi. La nutrizione microbica. Le diverse fonti energetiche utilizzabili dai microrganismi e le attività riferibili al metabolismo energetico. Processi aerobici (respirazione aerobica) e anaerobici (fermantazioni). Le principali vie fermentative microbiche: fermentazione alcolica, lattica, acido-mista, butandiolica, propionica, butirrica. Fotosintesi nei batteri. Il processo di fissazione dell’azoto e della CO2. Assimilazione di fosforo, zolfo ed azoto inorganici. La metanogenesi negli Archea. I processi biosintetici nel metabolismo microbico.
Crescita e coltura dei microrganismi. Il processo di divisione cellulare nei batteri. La curva di crescita. La misurazione della crescita microbica. Il controllo della crescita microbica. I terreni di coltura e lo studio delle proprietà biochimiche dei procarioti in coltura. L’effetto dell’ambiente sulla crescita microbica. Gli Archea e gli ambienti estremi.
Principi di classificazione e filogenesi microbica. I criteri di base della sistematica microbiologica. Identificazione tassonomica dei microrganismi. I principali gruppi di eubatteri, actinomiceti, archea, eumiceti e microalghe. Fondamenti di ecologia microbica: i fattori che influenzano la colonizzazione e lo sviluppo microbico. I microrganismi negli ecosistemi naturali. I principali microrganismi agenti di malattie dell’uomo, degli animali e delle piante. Microrganismi di interesse industriale.
Genetica microbica e manipolazione dell’espressione genica nei procarioti. Struttura e funzione dei genomi procariotici. Gli elementi genetici. Le mutazioni. I meccanismi di riparazione. La sessualità nei batteri. Il riassortimento del materiale genetico. Variazione di fase ed antigenica. I plasmidi ed il loro significato biologico. Il processo di coniugazione. La trasformazione e la trasduzione. Operoni e Reguloni. Regolazione dell’espressione genica nei microrganismi: induzione e repressione. Livelli di regolazione dell’espressione genica: trascrizionale, post-trascrizionale, traduzionale, post-traduzionale. La sporulazione ed i processi di differenziamento nei batteri. L’era della post-genomica: nuove metodologie per l’analisi funzionale dei genomi procariotici.

I virus. Caratteristiche generali e classificazione. Coltivazione dei virus. Purificazione dei virus e metodi di saggio. Batteriofagi. Ciclo litico e ciclo lisogenico. Virus animali. Infezioni citocide e danno cellulare. Infezioni persistenti, latenti e da virus lenti. Virus e cancro. Virus vegetali. Viroidi e prioni.

 

Programma delle esercitazioni/laboratori
Tecniche microbiologiche. Colorazione ed osservazione dei batteri al microscopio; Preparazione e sterilizzazione dei terreni di coltura; Colture microbiche; Determinazione quantitativa dei batteri; Identificazione dei batteri con sistemi biochimici; Screening di microrganismi antibiotico-produttori da campioni di suolo o marini.

Breve presentazione e obiettivi del corso

Il corso ha l’obiettivo di fornire le competenze di base, nell’ambito della microbiologia, necessarie per operare, con ruoli tecnico-operativi, nei diversi settori delle biotecnologie che fanno uso di microrganismi o virus, naturali o geneticamente modificati, interi o loro parti, o che sviluppano dispositivi diagnostici e terapeutici per contrastare le malattie infettive. Il corso fornisce altresì le basi culturali e metodologiche per accedere a successivi approfondimenti nell’ambito delle biotecnologie microbiche.

 

Risultati di apprendimento previsti

Conoscenze da acquisire:
• struttura e ultrastruttura della cellula batterica
• nutrizione e metabolismo dei microrganismi
• crescita e coltivazione dei microrganismi
• principi di classificazione e filogenesi microbica
• interazione dei microrganismi con l’ambiente e con gli altri organismi
• genetica microbica e tecniche di manipolazione dei microrganismi
• i virus: caratteristiche generali e classificazione
• patogenicità microbica e virale, e meccanismi di difesa dell’ospite

Abilità da acquisire:
• metodi di isolamento di microrganismi
• metodi di crescita e coltivazione dei microrganismi in piccola scala
• metodi di colorazione e di osservazione dei microrganismi al microscopio ottico
• metodi di identificazione dei microrganismi mediante analisi fenotipica e molecolare
• metodi di analisi della resistenza microbica ad antibiotici

La modalità di erogazione della didattica è del tipo tradizionale, con 7 CFU di lezioni frontali in aula e 1 CFU di attività di laboratorio. Le lezioni in aula prevedono l’utilizzo di diapositive, talora con collegamenti ipertestuali a specifiche pagine Web.

La valutazione degli studenti è effettuata mediante prova orale. E’ mirata ad accertare, in misura proporzionale:
- Il livello delle conoscenze teoriche acquisite, attraverso la presentazione di argomenti del programma (50%)
- Il livello delle abilità pratiche acquisite, attraverso la descrizione di metodiche e metodologie (25%)
- La capacità di applicare le conoscenze teoriche e le abilità pratiche acquisite alla soluzione di problemi semplici (25%)

• G. Dehò, E. Galli. Biologia dei microrganismi. Edizione 2014. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.

• M. T. Madigan, J. M. Martinko, D. A. Stahl, D. P. Clark. Brock, Biologia dei microrganismi. Vol.1, 2, 3. Edizione 2012. Pearson.

• M. Willey, M. Sherwood, J. Woolverton. Prescott, Microbiologia. Vol. 1, 2, 3. Edizione 2009. McGraw-Hill.

• S. Donadio, G. Marino. Biotecnologie microbiche. Edizione 2008. Casa Editrice Ambrosiana.

MICROBIOLOGIA (BIO/19)
MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 55.0

Per immatricolati nel 2016/2017

Anno accademico di erogazione 2017/2018

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 05/03/2018 al 15/06/2018)

Lingua ITALIANO

Percorso PERCORSO COMUNE (999)

Ai fini di un più proficuo apprendimento di alcuni contenuti del corso sono necessarie le conoscenze di base nell’ambito della matematica, della fisica, della chimica organica e della biologia generale.

I microrganismi procariotici: Bacteria ed Archaea. I microrganismi eucariotici: Protozoi, Funghi ed Alghe. Struttura cellulare. Metabolismo microbico: la vita in aerobiosi ed in anaerobiosi. Classi nutrizionali. Studio della crescita microbica. Controllo della crescita microbica. Ruolo dei microrganismi in natura: i cicli degli elementi. Ecologia microbica ed ecosistemi microbici. I microrganismi nei diversi comparti ambientali: atmosfera, idrosfera, suolo e ambienti estremi. Interazioni microrganismi-piante e microrganismi-animali. Ruolo dei microrganismi nel biorisanamento: lisciviazione microbica dei metalli, degradazione di composti organici naturali e di sintesi. Microbiologia delle acque reflue, depurazione delle acque e malattie microbiche trasmesse con l’acqua. Metodi e strategie per studi di ecologia microbica: analisi delle comunità microbiche con metodi colturali e molecolari. Tecniche microbiologiche di base: Metodi di microscopia, tecniche di sterilizzazione, preparazione di terreni di coltura, isolamento di microrganismi e tecniche di identificazione microbica.

Il corso ha l’obiettivo di fornire le competenze di base, nell’ambito della microbiologia ambientale, necessarie per operare, con ruoli tecnico-operativi, negli ambiti delle scienze e tecnologie ambientali che fanno uso di microrganismi o ne rilevano la presenza in varie matrici. Fornisce, inoltre, le basi culturali per accedere a successivi percorsi formativi che più ampiamente sviluppano temi come il ruolo dei microrganismi nei cicli biogeochimici, e il loro impiego nei processi di biorisanamento e nella produzione di biogas.

La modalità di erogazione della didattica è del tipo tradizionale, con 5 CFU di lezioni frontali in aula e 1 CFU di attività di laboratorio. Le lezioni in aula prevedono l’utilizzo di diapositive, talora con collegamenti ipertestuali a specifiche pagine Web.

Il conseguimento dei crediti attribuiti è ottenuto mediante esame integrato consistente in una prova orale con votazione finale in trentesimi ed eventuale lode.
La prova è volta ad accertare:
- il livello delle conoscenze teoriche acquisite, attraverso la presentazione di argomenti del programma;
- il livello delle abilità pratiche acquisite, attraverso la descrizione di metodiche e metodologie;
- la capacità di applicare le conoscenze teoriche e le abilità pratiche acquisite alla soluzione di problemi semplici.

• G. Dehò, E. Galli. Biologia dei microrganismi. Edizione 2014. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.

• M. T. Madigan, J. M. Martinko, D. A. Stahl, D. P. Clark. Brock, Biologia dei microrganismi. Vol.1, 2, 3. Edizione 2012. Pearson.

• M. Willey, M. Sherwood, J. Woolverton. Prescott, Microbiologia. Vol. 1, 2, 3. Edizione 2009. McGraw-Hill.

• P. Barbieri, G. Bestetti, E. Galli, D. Zanoni. Microbiologia ambientale ed elementi di ecologia microbica. Edizione 2008. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE (BIO/19)
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Corso di laurea COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 48.0 Ore Studio individuale: 102.0

Per immatricolati nel 2016/2017

Anno accademico di erogazione 2016/2017

Anno di corso 1

Semestre Primo Semestre (dal 03/10/2016 al 20/01/2017)

Lingua

Percorso PERCORSO COMUNE (999)

Sede Lecce - Università degli Studi

No formal propedeuticity is required with respect to other courses. However basic knowledge of general microbiology is strongly recommended.

Program of Lectures

Microbial evolution and systematics. Early Earth and the origin and diversification of life; formation and early history of Earth; origin of cellular life; microbial diversification; endosymbiotic origin of eukaryotes. Microbial evolution; the evolutionary process; evolutionary analysis: theoretical aspects and analytical methods.; microbial phylogeny; applications of SSU rRNA phylogenetic methods. Microbial systematics; phenotypic analysis; genotypic analysis; phylogenetic analysis; the species concept in microbiology; classification and nomenclature.

Prokaryotic diversity: the Bacteria. Bacterial phylogenesis. Phylum 1: Proteobacteria; Phylum 2 and 3: Gram-positive bacteria and Actinobacteria. Phylum 4: Cyanobacteria and Prochlorophytes; Phylum 5: Chlamydia; Phylum 6: Planctomyces/Pirellula; Phylum 7: Verrucomicrobia; Phylum 8: Flavobacteria; Phylum 9: the Cytophaga group; Phylum 10: Green-sulphur bacteria; Phylum 11: Spirochetes; Phylum 12: Deinococci; Phylum 13: Green non-sulphur bacteria; Phylum 14-16: deeply branching hypertermophilic bacteria; Phylum 17 and 18: Nitrospira and Deferribacter.

Prokaryotic diversity: the Archaea. Phylogeny and general metabolism. Phylum euryarchaeota; Phylum Crenarchaeota; Phylum Nanoarchaeota; Evolution and life at high temperature.

Metabolic diversity. The phototrophic way of life; chemolithotrophy: energy from the oxidation of inorganic electron donors; the anaerobic way of life: anaerobic respirations; the anaerobic way of life: fermentations and syntrophy; hydrocarbon oxidation and the role of O2 in the catabolism of organic compounds; nitrogen fixation.

Methods in microbial ecology. Culture-dependent analyses of microbial communities; molecular (culture-independent) analyses of microbial communities; measuring microbial activities in Nature.

Microbial ecology. Microbial ecosystems; soil and freshwater microbial habitats; marine microbiology; the carbon and oxygen cycles; other key nutrient cycles; microbial bioremediation; microbial interactions with plants.

Course outline and aims

This course aims at providing students with an in-depth knowledge of the current view of microbial evolution and systematic, and the continuing roles played by microbes in the environment. Major methodological approaches to environmental microbiology including their powers and limitations will be also discussed.

 

Learning outcomes

Knowledge to be attained:
• Current views on the origin of life and the evolution of the major microbial taxa
• Current views on metabolic diversity in microbial world
• Special bacteriology: major Bacteria and Archaea taxa
• Microbial ecology: Key roles played by microbes in the aquatic and terrestrial environment including soil structure, element cycles, genesis and breakdown of fossil fuels and contribution to geological processes
• Microbial ecology: Detrimental roles played by microbes in pollution and the beneficial roles played by microbes in wastewater treatment and bioremediation
• Microbial ecology: interactions of microorganisms with other organisms.
• Methods in microbial ecology

Abilities to be attained:
• Culture-based and culture-independent methods in microbial systematic and ecology
• Methods to study microbial phylogeny
• Construction of phylogenetic trees

 

Learning methods consist of formal lectures and integrative lectures making use of slides and hypertext links to specific Web sites. Outside these activities, the students are expected to read assigned papers from the scientific literature.

Oral examination. It is aimed at ascertaining, in proportion:
- The level of theoretical knowledge through the presentation of the program topics (50%)
- The level of practical abilities through description of methods and methodologies (25%)
- The ability to apply theoretical knowledge and practical skills to solve simple problems (25%)

• M. T. Madigan, J. M. Martinko, P. V. Dunlap, D. P. Clark. Brock Biology of Microorganisms. 12th Edition. ISBN: 0-13-232460-1. 2010 PEARSON EDUCATION, INC. PUBLISHED BY BENJAMIN CUMMINGS © 2009.

• R. M. Maier, I. L. Pepper, C. P. Gerba. Environmental Microbiology. 2nd Edition. ISBN: 0123705193. SEPTEMBER 2008. PUBLISHED BY ELSEVIER SCIENCE.

• I. L. Pepper, C. Gerba, C. P. Gerba. Environmental Microbiology: A laboratory manual.

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (BIO/19)
MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 52.0 Ore Studio individuale: 98.0

Per immatricolati nel 2016/2017

Anno accademico di erogazione 2016/2017

Anno di corso 1

Semestre Primo Semestre (dal 03/10/2016 al 13/01/2017)

Lingua

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

Sede Lecce - Università degli Studi

No formal prerequisite is required with respect to other courses.
However basic knowledge of general microbiology, basic immunology and microbial genetics is strongly recommended. This knowledge is normally acquired in the bachelor’s degrees that give access to the master’s degree in Medical Biotechnology and Nanobiotechnology.

Programs of Lectures and Labs

Lectures
Part 1. Microbial virulence and vaccines
Microbial and viral pathogenesis. Host-microbes interaction: positive interactions. The human microbiota. The stable normal flora of skin, oral cavity, respiratory tract, intestinal tract, urogenital tract. Probiotics. The gut metagenome. Host-microbes interaction: negative interactions. Infectivity, pathogenicity and virulence. The Koch’s postulates and their molecular version. “Alien” DNA and evolution of virulence and drug resistance. Virulence factors and toxins. Adhesion, invasion, growth/survival in host microenvironments. Quorum sensing. Biofilm. Evasion of innate and adaptive immunity. Regulation of virulence genes. Powerful approaches to study the microbial virulence: Signature-tagged mutagenesis (STM); In vivo expression technology (IVET)
Vaccines. Historical notes on vaccines. Immunological principles. Conventional vaccines: killed or inactivated vaccines, attenuated live vaccines, subunit vaccines. Recombinant vaccines: recombinant viral vaccine, recombinant bacterial vaccine, genetically-attenuated live vaccines, edible vaccines. Reverse vaccinology.

Part 2. Drugs from microorganisms
Bioactive compounds from microorganisms. Chemical diversity and structural classes. Biological activity (antibiotic, antifungal, antiprotozoal, immunosuppressive, anticancer, etc.). Biosynthetic pathways: synthesis of precursor substrates, polyketides and polyketide synthase (PKS), oligopeptides and NRPS, PKS_NRPS hybrid systems, oligopeptides of ribosomal origin, oligosaccharides and terpenes, the main decoration reactions; manipulation of biosynthetic pathways.
Actinomycetes producing bioactive compounds. The life cycle and life style of the actinomycetes. Regulation of secondary metabolite biosynthesis: pathway-specific and pleiotropic regulators, extracellular signals, influence of nutrients. Strain improvement with classical methods and genetic engineering. Genome and transcriptome analysis of actinomycetes. New drug discovery by genome mining.

Labs
Large-scale microbial cultivation for industrial purposes. The growth curve. Discontinuous or batch fermentation. Continuous fermentation. Fed-batch fermentation.

Course outline and aims

The course aims to provide knowledge and skills to work professionally with roles of responsibility in the areas of medical biotechnology and nanobiotechnology which make use of micro-organisms or viruses (natural or genetically modified, whole or parts thereof) or which develop diagnostic devices and therapeutic to combat infectious and non-infectious diseases.

 

Learning outcomes

Knowledge to be attained:
• molecular and cellular mechanisms underlying microbial and viral pathogenicity
• methodological foundations for design and development of vaccines
• methodological foundations for discovery and production of bioactive compounds from microorganisms

Abilities to be attained:
• New drug discovery from microorganisms by bioassays and genome mining
• Mutate-and-screen methods for microbial strain improvement
• Cultivation of microorganisms in stirred-tank bioreactors

Learning methods consist of formal Lectures and Labs making use of slides and hypertext links to specific Web sites. Outside these activities, the students are expected to read assigned papers from the scientific literature.

Oral examination. It is aimed at ascertaining, in proportion:
- The level of theoretical knowledge through the presentation of the program topics (50%)
- The level of practical abilities through description of methods and methodologies (25%)
- The ability to apply theoretical knowledge and practical skills to solve simple problems (25%)

• G. Dehò, E. Galli. Biologia dei microrganismi. Edizione 2014. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.
• S. Donadio, G. Marino. Biotecnologie microbiche. Edizione 2008. Casa Editrice Ambrosiana.

• M. Madigan, J. Martinko, K. Bender, D. Buckley, D. Stahl. Brock Biology of Microorganisms (14th Edition). Global Edition. Pearson.
• Y. K. Lee. Microbial Biotechnology (Third Edition). World Scientific.

MICROBIAL BIOTECHNOLOGIES (BIO/19)
MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 68.0 Ore Studio individuale: 132.0

Per immatricolati nel 2015/2016

Anno accademico di erogazione 2016/2017

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 06/03/2017 al 01/06/2017)

Lingua

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

Il Corso non prevede propedeuticità. Tuttavia, ai fini di un più proficuo apprendimento di alcuni contenuti del corso sono necessarie le conoscenze di base acquisite nel primo anno del corso di studio nell’ambito della matematica, della fisica, della chimica organica e della citologia e istologia animale e vegetale.

Programma delle lezioni e delle esercitazioni/laboratori

Programma delle lezioni

Il mondo microbico. Composizione del mondo microbico (procarioti, eucarioti, virus).
Struttura ed ultrastruttura della cellula batterica. I batteri gram-positivi e gram-negativi: caratteristiche generali. Struttura e sintesi della parete cellulare. Struttura e funzione della membrana citoplasmatica. La membrana esterna: il lipopolisaccaride e le porine. Proteine di membrana e sistemi di trasporto. Gli organelli citoplasmatici. La capsula. I flagelli ed i pili. Il processo di chemiotassi. La spora batterica. Organizzazione del materiale genetico: il nucleoide. Gli Archea: un altro modello di cellula procariotica.
Nutrizione e metabolismo dei microrganismi. La nutrizione microbica. Le diverse fonti energetiche utilizzabili dai microrganismi e le attività riferibili al metabolismo energetico. Processi aerobici (respirazione aerobica) e anaerobici (fermantazioni). Le principali vie fermentative microbiche: fermentazione alcolica, lattica, acido-mista, butandiolica, propionica, butirrica. Fotosintesi nei batteri. Il processo di fissazione dell’azoto e della CO2. Assimilazione di fosforo, zolfo ed azoto inorganici. La metanogenesi negli Archea. I processi biosintetici nel metabolismo microbico.
Crescita e coltura dei microrganismi. Il processo di divisione cellulare nei batteri. La curva di crescita. La misurazione della crescita microbica. Il controllo della crescita microbica. I terreni di coltura e lo studio delle proprietà biochimiche dei procarioti in coltura. L’effetto dell’ambiente sulla crescita microbica. Gli Archea e gli ambienti estremi.
Principi di classificazione e filogenesi microbica. I criteri di base della sistematica microbiologica. Identificazione tassonomica dei microrganismi. I principali gruppi di eubatteri, actinomiceti, archea, eumiceti e microalghe. Fondamenti di ecologia microbica: i fattori che influenzano la colonizzazione e lo sviluppo microbico. I microrganismi negli ecosistemi naturali. I principali microrganismi agenti di malattie dell’uomo, degli animali e delle piante. Microrganismi di interesse industriale.
Genetica microbica e manipolazione dell’espressione genica nei procarioti. Struttura e funzione dei genomi procariotici. Gli elementi genetici. Le mutazioni. I meccanismi di riparazione. La sessualità nei batteri. Il riassortimento del materiale genetico. Variazione di fase ed antigenica. I plasmidi ed il loro significato biologico. Il processo di coniugazione. La trasformazione e la trasduzione. Operoni e Reguloni. Regolazione dell’espressione genica nei microrganismi: induzione e repressione. Livelli di regolazione dell’espressione genica: trascrizionale, post-trascrizionale, traduzionale, post-traduzionale. La sporulazione ed i processi di differenziamento nei batteri. L’era della post-genomica: nuove metodologie per l’analisi funzionale dei genomi procariotici.

I virus. Caratteristiche generali e classificazione. Coltivazione dei virus. Purificazione dei virus e metodi di saggio. Batteriofagi. Ciclo litico e ciclo lisogenico. Virus animali. Infezioni citocide e danno cellulare. Infezioni persistenti, latenti e da virus lenti. Virus e cancro. Virus vegetali. Viroidi e prioni.

 

Programma delle esercitazioni/laboratori
Tecniche microbiologiche. Colorazione ed osservazione dei batteri al microscopio; Preparazione e sterilizzazione dei terreni di coltura; Colture microbiche; Determinazione quantitativa dei batteri; Identificazione dei batteri con sistemi biochimici; Screening di microrganismi antibiotico-produttori da campioni di suolo o marini.

Breve presentazione e obiettivi del corso

Il corso ha l’obiettivo di fornire le competenze di base, nell’ambito della microbiologia, necessarie per operare, con ruoli tecnico-operativi, nei diversi settori delle biotecnologie che fanno uso di microrganismi o virus, naturali o geneticamente modificati, interi o loro parti, o che sviluppano dispositivi diagnostici e terapeutici per contrastare le malattie infettive. Il corso fornisce altresì le basi culturali e metodologiche per accedere a successivi approfondimenti nell’ambito delle biotecnologie microbiche.

 

Risultati di apprendimento previsti

Conoscenze da acquisire:
• struttura e ultrastruttura della cellula batterica
• nutrizione e metabolismo dei microrganismi
• crescita e coltivazione dei microrganismi
• principi di classificazione e filogenesi microbica
• interazione dei microrganismi con l’ambiente e con gli altri organismi
• genetica microbica e tecniche di manipolazione dei microrganismi
• i virus: caratteristiche generali e classificazione
• patogenicità microbica e virale, e meccanismi di difesa dell’ospite

Abilità da acquisire:
• metodi di isolamento di microrganismi
• metodi di crescita e coltivazione dei microrganismi in piccola scala
• metodi di colorazione e di osservazione dei microrganismi al microscopio ottico
• metodi di identificazione dei microrganismi mediante analisi fenotipica e molecolare
• metodi di analisi della resistenza microbica ad antibiotici

La modalità di erogazione della didattica è del tipo tradizionale, con 7 CFU di lezioni frontali in aula e 1 CFU di attività di laboratorio. Le lezioni in aula prevedono l’utilizzo di diapositive, talora con collegamenti ipertestuali a specifiche pagine Web.

La valutazione degli studenti è effettuata mediante prova orale. E’ mirata ad accertare, in misura proporzionale:
- Il livello delle conoscenze teoriche acquisite, attraverso la presentazione di argomenti del programma (50%)
- Il livello delle abilità pratiche acquisite, attraverso la descrizione di metodiche e metodologie (25%)
- La capacità di applicare le conoscenze teoriche e le abilità pratiche acquisite alla soluzione di problemi semplici (25%)

• G. Dehò, E. Galli. Biologia dei microrganismi. Edizione 2014. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.

• M. T. Madigan, J. M. Martinko, D. A. Stahl, D. P. Clark. Brock, Biologia dei microrganismi. Vol.1, 2, 3. Edizione 2012. Pearson.

• M. Willey, M. Sherwood, J. Woolverton. Prescott, Microbiologia. Vol. 1, 2, 3. Edizione 2009. McGraw-Hill.

• S. Donadio, G. Marino. Biotecnologie microbiche. Edizione 2008. Casa Editrice Ambrosiana.

MICROBIOLOGIA (BIO/19)
MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 55.0 Ore Studio individuale: 95.0

Per immatricolati nel 2015/2016

Anno accademico di erogazione 2016/2017

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 06/03/2017 al 16/06/2017)

Lingua

Percorso PERCORSO COMUNE (999)

Ai fini di un più proficuo apprendimento di alcuni contenuti del corso sono necessarie le conoscenze di base nell’ambito della matematica, della fisica, della chimica organica e della biologia generale.

I microrganismi procariotici: Bacteria ed Archaea. I microrganismi eucariotici: Protozoi, Funghi ed Alghe. Struttura cellulare. Metabolismo microbico: la vita in aerobiosi ed in anaerobiosi. Classi nutrizionali. Studio della crescita microbica. Controllo della crescita microbica. Ruolo dei microrganismi in natura: i cicli degli elementi. Ecologia microbica ed ecosistemi microbici. I microrganismi nei diversi comparti ambientali: atmosfera, idrosfera, suolo e ambienti estremi. Interazioni microrganismi-piante e microrganismi-animali. Ruolo dei microrganismi nel biorisanamento: lisciviazione microbica dei metalli, degradazione di composti organici naturali e di sintesi. Microbiologia delle acque reflue, depurazione delle acque e malattie microbiche trasmesse con l’acqua. Metodi e strategie per studi di ecologia microbica: analisi delle comunità microbiche con metodi colturali e molecolari. Tecniche microbiologiche di base: Metodi di microscopia, tecniche di sterilizzazione, preparazione di terreni di coltura, isolamento di microrganismi e tecniche di identificazione microbica.

Il corso ha l’obiettivo di fornire le competenze di base, nell’ambito della microbiologia ambientale, necessarie per operare, con ruoli tecnico-operativi, negli ambiti delle scienze e tecnologie ambientali che fanno uso di microrganismi o ne rilevano la presenza in varie matrici. Fornisce, inoltre, le basi culturali per accedere a successivi percorsi formativi che più ampiamente sviluppano temi come il ruolo dei microrganismi nei cicli biogeochimici, e il loro impiego nei processi di biorisanamento e nella produzione di biogas.

La modalità di erogazione della didattica è del tipo tradizionale, con 5 CFU di lezioni frontali in aula e 1 CFU di attività di laboratorio. Le lezioni in aula prevedono l’utilizzo di diapositive, talora con collegamenti ipertestuali a specifiche pagine Web.

Il conseguimento dei crediti attribuiti è ottenuto mediante esame integrato consistente in una prova orale con votazione finale in trentesimi ed eventuale lode.
La prova è volta ad accertare:
- il livello delle conoscenze teoriche acquisite, attraverso la presentazione di argomenti del programma;
- il livello delle abilità pratiche acquisite, attraverso la descrizione di metodiche e metodologie;
- la capacità di applicare le conoscenze teoriche e le abilità pratiche acquisite alla soluzione di problemi semplici.

• G. Dehò, E. Galli. Biologia dei microrganismi. Edizione 2014. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.

• M. T. Madigan, J. M. Martinko, D. A. Stahl, D. P. Clark. Brock, Biologia dei microrganismi. Vol.1, 2, 3. Edizione 2012. Pearson.

• M. Willey, M. Sherwood, J. Woolverton. Prescott, Microbiologia. Vol. 1, 2, 3. Edizione 2009. McGraw-Hill.

• P. Barbieri, G. Bestetti, E. Galli, D. Zanoni. Microbiologia ambientale ed elementi di ecologia microbica. Edizione 2008. Casa Editrice Ambrosiana. Distribuzione esclusiva Zanichelli.

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE (BIO/19)
BIOTECNOLOGIE MICROBICHE

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 52.0 Ore Studio individuale: 98.0

Per immatricolati nel 2015/2016

Anno accademico di erogazione 2015/2016

Anno di corso 1

Semestre Primo Semestre (dal 05/10/2015 al 15/01/2016)

Lingua

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

Sede Lecce - Università degli Studi

BIOTECNOLOGIE MICROBICHE (BIO/19)
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Corso di laurea COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 48.0 Ore Studio individuale: 102.0

Per immatricolati nel 2015/2016

Anno accademico di erogazione 2015/2016

Anno di corso 1

Semestre Primo Semestre (dal 05/10/2015 al 22/01/2016)

Lingua

Percorso PERCORSO COMUNE (999)

Sede Lecce - Università degli Studi

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (BIO/19)
MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 68.0 Ore Studio individuale: 132.0

Per immatricolati nel 2014/2015

Anno accademico di erogazione 2015/2016

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 07/03/2016 al 03/06/2016)

Lingua

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

MICROBIOLOGIA (BIO/19)
MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 55.0 Ore Studio individuale: 95.0

Per immatricolati nel 2014/2015

Anno accademico di erogazione 2015/2016

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 07/03/2016 al 10/06/2016)

Lingua

Percorso PERCORSO COMUNE (999)

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE (BIO/19)
BIOTECNOLOGIE MICROBICHE

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 52.0 Ore Studio individuale: 98.0

Per immatricolati nel 2014/2015

Anno accademico di erogazione 2014/2015

Anno di corso 1

Semestre Primo Semestre (dal 06/10/2014 al 16/01/2015)

Lingua

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

Sede Lecce - Università degli Studi

BIOTECNOLOGIE MICROBICHE (BIO/19)
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Corso di laurea COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 48.0 Ore Studio individuale: 102.0

Per immatricolati nel 2014/2015

Anno accademico di erogazione 2014/2015

Anno di corso 1

Semestre Primo Semestre (dal 06/10/2014 al 23/01/2015)

Lingua

Percorso PERCORSO COMUNE (999)

Sede Lecce - Università degli Studi

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (BIO/19)
MICROBIOLOGIA

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 8.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 68.0 Ore Studio individuale: 132.0

Per immatricolati nel 2013/2014

Anno accademico di erogazione 2014/2015

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 09/03/2015 al 05/06/2015)

Lingua

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

MICROBIOLOGIA (BIO/19)
MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Corso di laurea SCIENZE E TECNOLOGIE PER L'AMBIENTE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 55.0 Ore Studio individuale: 95.0

Per immatricolati nel 2013/2014

Anno accademico di erogazione 2014/2015

Anno di corso 2

Semestre Secondo Semestre (dal 09/03/2015 al 12/06/2015)

Lingua

Percorso PERCORSO COMUNE (999)

MICROBIOLOGIA AMBIENTALE (BIO/19)
BIOTECNOLOGIE MICROBICHE

Corso di laurea BIOTECNOLOGIE MEDICHE E NANOBIOTECNOLOGIE

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 52.0 Ore Studio individuale: 98.0

Per immatricolati nel 2013/2014

Anno accademico di erogazione 2013/2014

Anno di corso 1

Semestre Primo Semestre (dal 07/10/2013 al 17/01/2014)

Lingua

Percorso PERCORSO GENERICO/COMUNE (PDS0-2010)

Sede Lecce - Università degli Studi

BIOTECNOLOGIE MICROBICHE (BIO/19)
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY

Corso di laurea COASTAL AND MARINE BIOLOGY AND ECOLOGY

Settore Scientifico Disciplinare BIO/19

Tipo corso di studio Laurea Magistrale

Crediti 6.0

Ripartizione oraria Ore Attività frontale: 48.0 Ore Studio individuale: 102.0

Per immatricolati nel 2013/2014

Anno accademico di erogazione 2013/2014

Anno di corso 1

Semestre Primo Semestre (dal 07/10/2013 al 24/01/2014)

Lingua

Percorso PERCORSO COMUNE (999)

Sede Lecce - Università degli Studi

ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (BIO/19)

Pubblicazioni

Articoli su riviste con Comitato di Redazione internazionale

 

A1. Chiariotti, L., Alifano, P., Carlomagno, M.S. and Bruni C.B.

Nucleotide sequence of Escherichia coli hisD gene and of Escherichia coli and Salmonella typhimurium hisIE region.

Mol. Gen. Genet.* 203: 382-388 (1986).

*On March 01, 2001 this publication was renamed Molecular Genetics and Genomics.

 

A2. Carlomagno, M.S., Chiariotti, L., Alifano, P., Nappo, A.G., and Bruni, C.B.

Structure and function of the Salmonella typhimurium and Escherichia coli K-12 histidine operons.

J. Mol. Biol. 203: 585-606 (1988).

 

A3. Alifano, P., Ciampi, M.S., Nappo, A.G., Bruni, C.B., and Carlomagno, M.S.

In vivo analysis of the mechanisms responsible for strong transcriptional polarity in a "sense" mutant within an intercistronic region.

Cell 55: 351-360 (1988).

 

A4. Ciampi, M.S., Alifano, P., Nappo, A.G., Bruni, C.B., and Carlomagno, M.S.

Features of the Rho-dependent transcription termination polar element within the hisG cistron of Salmonella typhimurium.

J. Bacteriol. 171: 4472-4478 (1989).

 

A5. Del Giudice, L., Manna, F., Massardo, D.R., Motto, M., Alifano, P. and Wolf, K.

The Mu1 transposable element of maize contains two promoter signals recognized by the Escherichia coli RNA polymerase.

Mol. Gen. Genet.* 222: 71-76 (1990).

*On March 01, 2001 this publication was renamed Molecular Genetics and Genomics.

 

A6. Alifano, P., Rivellini, F., Limauro, D., Bruni, C.B. and Carlomagno, M.S.

A consensus motif common to all Rho-dependent prokaryotic transcription terminators.

Cell 64: 553-563 (1991).

 

A7. Manna, F., Massardo, D.R., Del Giudice, L., Buonocore, A., Nappo, A.G., Alifano, P., Schäfer, B. and Wolf, K.

The mitochondrial genome of Schizosaccharomyces pombe. Stimulation of intra-chromosomal recombination in Escherichia coli by the gene product of the first cox1 intron.

Curr. Genet. 19: 295-299 (1991).

 

A8. Rivellini, F., Alifano, P., Piscitelli, C., Blasi, V., Bruni, C.B., and Carlomagno, M.S.

A cytosine over guanosine-rich sequence in RNA activates Rho-dependent transcription termination.

Mol. Microbiol. 5: 3049-3054 (1991).

 

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A tRNA gene mapping within the chloroplast rDNA cluster is differentially expressed during the development of Daucus carota.

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Ribonuclease E provides substrates for ribonuclease P-dependent processing of a polycistronic mRNA.

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impact factor: 12.075

 

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Chromosomal localization of the Rab7 gene on mouse and human genome.

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A21. Bucci, C., Lavitola, A., Salvatore, P., Del Giudice, L., Massardo, D.R., Bruni, C.B. and Alifano, P.

Hypermutation in pathogenic bacteria: frequent phase variation in meningococci is a phenotypic trait of a specialized mutator biotype.

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A22. Lavitola, A., Bucci, C., Salvatore, P. , Maresca, G., Bruni, C.B. and Alifano, P.

Intracistronic transcription termination in polysialyltransferase gene (siaD) affects phase variation in Neisseria meningitidis.

Mol. Microbiol. 33: 119-127 (1999).

 

A23. Salvatore, P., Cantalupo, G., Pagliarulo, C., Tredici, M., Lavitola, A., Bucci, C., Bruni, C.B. and Alifano, P.

A new vector for insertion of any DNA fragment into the chromosome of trasformable Neisseria.

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Rab interacting lysosomal protein (RILP):the Rab7 effector required for transport to lysosomes.

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Evolution and function of the neisserial dam-replacing gene.

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Whole-genome organization and functional properties of miniature DNA insertion sequences conserved in pathogenic Neisseriae.

Gene 278: 211-222 (2001).

 

A27. Salvatore, P., Pagliarulo, C., Colicchio, R., Zecca, P., Cantalupo, G., Tredici, M., Lavitola, A., Bucci, C., Bruni, C.B. and Alifano, P.

Identification, characterization and variable expression of a naturally occurring inhibitor protein of IS1106-transposase (IS1106Tip) in clinical isolates of Neisseria meningitidis.

Infect. Immun. 69: 7425-7436 (2001).

 

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Scattering phenomena effects on growth of 308 nm laser irradiated bacteria in suspension.

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An efficient method for preparing high quality DNA from plant DNA libraries in lambda phage. Biotechnol. Lett. 24: 1199-1202 (2002).

 

A30. Salvatore, P., Bucci, C., Pagliarulo, C., Tredici, M., Colicchio, R., Cantalupo, G., Bardaro, M., Del Giudice, L., Massardo, D.R., Lavitola, A., Bruni, C.B. and Alifano, P.

Phenotypes of a naturally defective recB allele in Neisseria meningitidis clinical isolates.

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A new inhibitor of the transcription termination factor Rho.

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A32. Quaresima, B., Alifano, P., Tassone, P., Avvedimento, E.V., Costanzo, F.S. and Venuta, S.

Human MLH1 interacts with Escherichia coli MutL and MutS in vivo and in vitro: a simple genetic system to assay MLH1 function.

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A33. Verri, T., Ingrosso, L., Chiloiro, R., Danieli, A., Zonno, V., Alifano, P., Romano, N., Scapigliati, G., Vilella, S. and Storelli, C.

Assessment of DNA vaccine potential for gilthead sea bream (Sparus aurata) by intramuscular injection of a reporter gene.

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A34. Massardo, D.R., Esposito, B., Veneziano, A., Wolf, K., Alifano, P. and Del Giudice, L.

Hyper-expression of small nucleolar RNAs (snoRNAs) in female inflorescences of hazelnut (Corylus avellana L.) supports rRNA aggregation in vitro.

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A35. Pagliarulo, C., Salvatore, P., De Vitis L.R., Colicchio, R., Monaco, C., Tredici, M., Talà, A., Bardaro, M., Lavitola, A., Bruni, C.B. and Alifano, P.

Regulation and differential expression of gdhA encoding NADP-specific glutamate dehydrogenase in Neisseria meningitidis clinical isolates.

Mol. Microbiol. 51: 1757-1772 (2004).

 

A36. Technikova-Dobrova, Z., Damiano, F., Tredici, S.M., Vigliotta, G., di Summa, R., Palese, L., Abbrescia, A., Labonia, N., Gnoni, G.V. and Alifano, P.

Design of mineral medium for growth of Actinomadura sp. ATCC 39727, producer of the glycopeptide A40926: effects of calcium ions and nitrogen sources.

Appl. Microbiol. Biot. 65: 671-677 (2004).

 

A37. Vigliotta, G., Tredici, S.M., Damiano, F., Montinaro, M.R., Pulimeno, R., di Summa, R., Massardo, D.R., Gnoni, G.V. and Alifano, P.

Natural merodiploidy involving duplicated rpoB alleles affects secondary metabolism in a producer actinomycete.

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A38. Belloni, F., Nassisi, V., Alifano, P., Monaco, C., Talà, A., Tredici, S.M., and Rainò, A.

A suitable plane transmission line at 900 MHz RF fields for E. coli DNA studies.

Rev. Sci. Instrum. 76: 054302-6 (2005).

L’articolo è stato pubblicato (“selected paper”) in Virtual Journal of Biological Physics Research, 9(9) (2005).

 

A39. Massardo, D.R., Senatore, F., Alifano, P., Del Giudice, L. and Pontieri, P.

Vetiver oil production correlates with early root growth.

Biochem. Syst. Ecol. 34: 376-382 (2006).

 

A40. Monaco, C., Talà, A., Spinosa, M.R., Progida, C., De Nitto, E., Gaballo, A., Bruni, C.B., Bucci, C. and Alifano, P.

Identification of a meningococcal L-glutamate ABC transporter operon essential for growth in low-sodium environments.

Infect. Immun. 74: 1725-1740 (2006).

 

A41. Talà, A., Belloni, F., Monaco, C., Lorusso, A., Nassisi, V. and Alifano, P.

Effects of XeCl UV308 nm laser radiation on survival and mutability of recA-proficient and recA-defective Escherichia coli strains.

Radiat. Res. 165: 532-537 (2006).

 

A42. Gaballo, A., Abbrescia, A., Palese, L.L., Micelli, L., di Summa, R., Alifano, P. and Papa, S.

Structure and expression of the atp operon coding for the F1F0-ATP synthase from the antibiotic producing actinomycete Nonomuraea sp. ATCC 39727.

Res. Microbiol. 157: 675-683 (2006)

 

A43. Belloni, F., Nassisi, V., Alifano, P., Monaco, C. and Panzanaro, S.

The effects of UV laser radiation as sterilizer for cultural heritage.

Macromol. Symp. 238: 52-56 (2006).

 

A44. Belloni, F., Doria, D., Lorusso, A., Nassisi, V., Alifano, P., Monaco, C., Talà, A., Tredici, M. and Rainò, A.

Experimental analysis of a TEM plane transmission line for DNA studies at 900 MHz EM fields.

J. Phys. D Appl. Phys. 39: 2856-2861 (2006).

 

A45. Colicchio, R., Pagliarulo, C., Lamberti, F., Vigliotta, G., Bruni, C.B., Alifano, P.* and Salvatore, P.*

RecB-dependent Mutator Phenotype in Neisseria meningitidis Strains Naturally Defective in Mismatch Repair.

DNA Repair 5: 1428-1438 (2006).

*Corresponding authors

 

A46. Stabili, L., Gravili, C., Piraino, S., Boero, F. and Alifano, P.

Vibrio harveyi associated with Aglaophenia octodonta (Hydrozoa, Cnidaria).

Microb. Ecol. 52: 603-608 (2006).

 

A47. Di Giacomo, M., Paolino, M., Silvestro, D., Vigliotta, G., Imperi, F., Visca, P., Alifano, P. and Parente, D.

Microbial community structure and dynamics of dark fire-cured tobacco fermentation.

Appl. Environ. Microb. 73: 825-837 (2007).

 

A48. Vigliotta, G., Di Giacomo, M., Carata, E., Massardo, D.R., Tredici, S.M., Silvestro, D., Paolino, M., Pontieri, P., Del Giudice, L., Parente, D. and Alifano, P.

Nitrite metabolism in Debaryomyces hansenii TOB-Y7, a yeast strain involved in tobacco fermentation.

Appl. Microbiol. Biot. 75: 633-645 (2007).

 

A49. Vigliotta, G., Nutricati, E., Carata, E., Tredici, S.M., De Stefano, M., Pontieri, P., Massardo, D.R., Prati, M.V., De Bellis, L. and Alifano, P.

Clonothrix fusca (Roze, 1896), a filamentous, sheathed, methanotrophic gamma-Proteobacterium.

Appl. Environ. Microb. 73: 3556-3565 (2007).

 

A50. Spinosa, M.R., Progida, C., Talà, A., Cogli, L., Alifano, P.* and Bucci, C.*

The Neisseria meningitidis capsule is important for intracellular survival in human cells.

Infect. Immun. 75: 3594-3603 (2007).

*Corresponding authors

 

A51. Vigliotta, G., Talà, A., Giudetti A.M., De Stefano, M., Del Giudice, L. and Alifano, P.

The impact of environmental perturbation on microbial community structure and dynamics: factors affecting growth of Clonothrix fusca in groundwater.

J. Plant Interact. 2: 159-167 (2007).

 

A52. Sansone, C., Massardo, D.R., Pontieri, P., Maddaluno, L., De Stefano, M., Tredici, S.M., Talà, A., Alifano, P. and Del Giudice, L.

Isolation of a psychrotolerant Debaryomyces hansenii strain from fermented tea plant (Camellia sinensis) leaves.

J. Plant Interact. 2: 169-174 (2007).

 

A53. Alifano, P., Lorusso, A., Nassisi, V., Talà, A., and Tredici, S.M.

Application of XeCl308 nm excimer laser radiation to mutagenesis of industrial microorganisms.

Radiat. Eff. Defect S. 163: 299-305 (2008).

 

A54. Spinosa, M.R., Progida, C., De Luca, A., Colucci, A.M.R., Alifano, P., and Bucci, C.

Functional characterization of Rab7 mutant proteins associated with Charcot-Marie-Tooth type 2B disease.

J. Neurosci. 28: 1640-1648 (2008).

 

A55. Colucci, A.M.R., Peracino, B., Talà, A., Bozzaro, S., Alifano, P., and Bucci, C.

Dictyostelium discoideum as a model host for meningococcal pathogenesis.

Med. Sci. Monitor 14: BR134-140 (2008).

 

A56. Stabili, L., Gravili, C., Tredici, S.M., Piraino, S., Talà, A., Boero, F., and Alifano, P.

Epibiotic Vibrio luminous bacteria isolated from some Hydrozoa and Bryozoa species.

Microb. Ecol. 56: 625-636 (2008).

 

A57. De Luca, A., Progida, C., Spinosa, M.R., Alifano, P., and Bucci, C..

Characterization of the Rab7K157N mutant protein associated with Charcot-Marie-Tooth type 2B.

Biochem. Bioph. Res. Co. 372: 283-287 (2008).

 

A58. Del Giudice, L., Massardo, D.R., Pontieri, P., Bertea, C.M., Mombello, D., Carata, E., Tredici, S.M., Talà, A., Mucciarelli, M., Groudeva, V.I., De Stefano, M., Vigliotta, G., Maffei, M.E., and Alifano, P.

The microbial community of Vetiver root and its involvement into essential oil biogenesis.

Environ. Microbiol. 10: 2824-2841 (2008).

 

A59. Talà, A., De Stefano, M., Bucci, C., and Alifano, P.

Reverse transcriptase-PCR differential display analysis of meningococcal transcripts during infection of human cells: up-regulation of priA and its role in intracellular replication.

BMC Microbiol. 8: 131 (2008).

 

A60. Talà, A., Progida, C., De Stefano, M., Cogli, L., Spinosa, M.R., Bucci, C., and Alifano, P.

The HrpB-HrpA two-partner secretion system is essential for intracellular survival of Neisseria meningitidis.

Cell. Microbiol. 10: 2461-2482 (2008).

 

A61. Talà, A., Wang, G., Zemanova, M., Okamoto, S., Ochi, K. and Alifano, P.

Activation of dormant bacterial genes by Nonomuraea sp. ATCC 39727 "mutant type" RNA polymerase.

J. Bacteriol. 191:805-814 (2009).

 

A62. Carata, E., Peano, C., Tredici, S.M., Ferrari, F., Talà, A., Corti, G., Bicciato, S., De Bellis, G., and Alifano, P.

Phenotypes and gene expression profiles of Saccharopolyspora erythraea rifampicin-resistant (rif) mutants affected in erythromycin production.

Microb. Cell Fact. 8:18 (2009).

 

A63. Colicchio, R., Ricci, S., Lamberti, F., Pagliarulo, C., Pagliuca, C., Braione, V., Braccini, T., Talà, A., Montanaro, D., Tripodi, S., Cintorino, M., Troncone, G., Bucci, C., Pozzi, G., Bruni, C.B., Alifano, P.* and Salvatore, P.*

The meningococcal ABC-Type L-glutamate transporter GltT is necessary for the development of experimental meningitis in mice.

Infect. Immun. 77:3578-3587 (2009).

*Corresponding authors

 

A64. Massardo, D.R., Pontieri, P., Maddaluno, L., De Stefano, M., Alifano, P. and Del Giudice L.

Effects of tellurite on growth of Saccharomyces cerevisiae.

Biometals 22: 1089-1094 (2009).

 

A65. Stabili, L., Gravili, C., Boero, F., Tredici, S.M. and Alifano, P.

Susceptibility to antibiotics of Vibrio sp. AO1 growing in pure culture or in association with its hydroid host Aglaophenia octodonta (Cnidaria, Hydrozoa).

Microb. Ecol. 59: 555-562 (2010).

 

A66. Siculella, L., Damiano, F., di Summa, R., Tredici, S.M., Alduina, R., Gnoni, G.V. and Alifano, P.

Guanosine 5’-diphosphate 3’-diphosphate (ppGpp) as a negative modulator of polynucleotide phosphorylase activity in a “rare” actinomycete.

Mol. Microbiol. 77: 716-729 (2010).

 

A67. Pontieri, P., Di Maro, A., Tamburino, R., Tilley, M., Bean, S.R., Roemer, E., De Vita, P., Alifano, P., Del Giudice, L. and Massardo, D.R.

Chemical composition of selected food-grade sorghum varieties grown under typical Mediterranean conditions.

Maydica 55: 139-143 (2010)

 

A68. Alifano, P., Del Giudice, L., Talà, A., DeStefano, M. and Maffei, M.E.

Microbes at work in perfumery: the microbial community of vetiver root and its involvement

in essential oil biogenesis.

Flavour Fragr. J. 5: 121-122 (2010).

 

A69. Videtta, V., Perrone, S., Rosato, F., Alifano, P., Tredici, S.M. and Troisi, L.

Condensed oxaziridine-mediated [3+2] cycloaddition: synthesis of polyhetero-bicyclo compounds.

Synlett 18: 2781-2783 (2010)

 

A70. Stabili, L., Gravili, C., Tredici, S.M., Boero, F. and Alifano, P.

Association of a luminous Vibrio sp., taxonomically related to Vibrio harveyi, with Clytia linearis (Thornely, 1990) (Hydrozoa, Cnidaria).

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A71. Pontieri, P., Di Fiore, R., Troisi, J., Bean, S.R., Roemer, E., Okot, J., Alifano, P., Pignone, D., Del Giudice, L. and Massardo, D.R.

Chemical composition and fatty acid content of white food sorghums grown in different environments.

Maydica 56: 1705 (2011)

 

A72. Alifano, P., Nassisi, V., Siciliano, M.V., Talà, A. and S.M. Tredici.

Unexpected photoreactivation of Vibrio harveyi bacteria living in ionizing environment.

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A73. Talà, A., Monaco, C., Nagorska, K., Exley, R.M., Corbett, A., Zychlinsky, A., Alifano, P. and Tang, C.

Glutamate utilization promotes meningococcal survival in vivo through avoidance of the neutrophil oxidative burst.

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A74. Gravili, C., Boero, F., Alifano, P. and Stabili, L.

Association between luminous bacteria and Hydrozoa in the northern Ionian Sea.

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A75. Peano, C., Tala, A., Corti, G., Pasanisi, D., Durante, M., Mita, G., Bicciato, S., De Bellis, G. and Alifano, P.

Comparative genomics and transcriptional profiles of Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 and a classically improved erythromycin over-producing strain.

Microb. Cell Fact. 11: 32 (2012)

 

A76. Stabili, L., Cardone, F., Alifano, P., Tredici, S.M., Piraino, S., Corriero, G. and Gaino, E.

Epidemic mortality of the sponge Ircinia variabilis (Schmidt, 1862) associated to proliferation of a Vibrio bacterium.

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Efficacy of silver treated catheters for haemodialysis in preventing bacterial adhesion.

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Radiofrequency transmission line for bioluminescent Vibrio sp. irradiation.

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A79. Pontieri, P., De Vita, P., Boffa, A., Tuinstra, M.R., Bean, S., Krishnamoorthy, G., Miller, C., Roemer, E., Alifano, P., Pignone, D., Massardo, D.R. and Del Giudice, L.

Yield and morpho-agronomical evaluation of food-grade white sorghum hybrids grown in Southern Italy.

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A80. Talà, A., Lenucci, M., Gaballo, A., Durante, M., Tredici, M., Debowles, D., Pizzolante, G., Marcuccio, C., Carata, E., Piro, G., Carpita, N., Mita, G. and Alifano, P.

Sphingomonas cynarae sp. nov., the producer of an unusual type of sphingan.

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A81. Pontieri, P., Mamone, G., De Caro, S., Tuinstra, M.R., Roemer, E., Okot, J., De Vita, P., Ficco, D.B.M., Alifano, P., Pignone, D., Massardo, D.R. and Del Giudice. L.

Sorghum, a healthy and gluten-free food for celiac patients as demonstrated by genome, biochemical, and immunochemical analyses.

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A82. Delle Side, D., Velardi, L., Nassisi, V., Pennetta, C., Alifano, P., Talà, A. and Tredici, M.S.

Bacterial bioluminescence and Gumbel statistics: From quorum sensing to correlation.

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A83. Talà, A., Cogli, L., De Stefano, M., Cammarota, M., Spinosa, M.R., Bucci, C.* and Alifano, P.*

Serogroup-specific interaction of Neisseria meningitidis capsular polysaccharide with host cell microtubules and effects on tubulin polymerization.

Infect. Immun. 82: 265-274 (2014).

*Corresponding authors

 

A84. Stabili, L., Giangrande, A., Pizzolante, G., Caruso, G. and Alifano, P.

Characterization of vibrios diversity in the mucus of the polychaete Myxicola infundibulum (Annellida, Polichaeta).

Microb. Ecol. 67: 186-194 (2014).

 

A85. Delle Side, D., Nassisi, V., Giuffreda, E., Velardi, L., Alifano, P., Talà, A. and Tredici, S.M.

Highly antibacterial UHMWPE surfaces by implantation of titanium ions.

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A86. Talà, A., Delle Side, D., Buccolieri, G., Tredici, S.M., Velardi, L., Paladini, F., De Stefano, M., Nassisi, V. and Alifano, P.
Exposure to static magnetic field stimulates quorum sensing circuit in luminescent Vibrio strains of the Harveyi clade.
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A87. Delle Side, Nassisi, P., Giuffreda, E., Velardi, L., Alifano, P., Talà, A. and Tredici, S.M.

Antibacterial properties of composite UHMWPE/{TiO}_{2-{x}} surfaces.

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A88. Abbrescia, A., Martino, P.L., Panelli, D., Sardanelli, A.M., Papa, S., Alifano, P., Palese, L.L. and Gaballo, A.

The respiratory chains of four strains of the alkaliphilic Bacillus clausii.

FEBS Open Bio 4: 714-721 (2014).

 

A89. Abbrescia, A., Palese, L.L., Papa, S., Gaballo, A., Alifano, P. and Sardanelli, A.M.

Antibiotic sensitivity of Bacillus clausii strains in commercial preparations.

Clin. Immunol. Endocr. Metab. Drugs 1:102-110 (2014).

 

A90. Peano, C., Damiano, F., Forcato, M., Pietrelli, A., Palumbo. C., Corti, G., Siculella, L., Fuligni, F., Malagoli Tagliazucchi, G., De Benedetto, G.E., Bicciato, S., De Bellis, G. and Alifano, P.

Comparative genomics revealed key molecular targets to rapidly convert a reference rifamycin-producing bacterial strain into an overproducer by genetic engineering.

Metab. Eng. 26: 1-16 (2014).

 

A91. Pontieri, P., Troisi, J., Di Fiore, R., Di Maro, A., Bean, S.R., Tuinstra, M.R., Roemer, E., Boffa, A., Del Giudice, A., Pizzolante, G., Alifano, P. and Del Giudice, L.

Mineral contents in grains of seven food-grade sorghum hybrids in a Mediterranean environment.

Aust. J. Crop Sci. 8:1550-1559 (2014).

 

A92. Pontieri, P., De Stefano, M., Massardo, D.R., Gunge, N., Miyakawa, I., Sando, N., Pignone, D., Pizzolante, G., Romano, R., Alifano, P. and Del Giudice, L.

Tellurium as a valuable tool for studying the prokaryotic origins of mitochondria.

Gene 559: 177-183 (2015).

 

A93. Conversano, G., Pizzolante, G., Alifano, P. and De Bellis, L.

Characterization and enhancement of microbial biodiversità in digestate in the aronomic field.

JLS 9: 139-151 (2015)

 

A94. Carofiglio, V.E., Romano, R., Servili, M., Goffredo, A., Alifano, P., Veneziani, G., Demitri, C., Centrone, D. and Stufano, P.

Complete valorization of olive mill wastewater through an integrated process for poly-3-hydroxybutyrate production.

JLS 9: 481-493 (2015)

 

A95. Colicchio, R., Pagliuca, C., Pastore, G., Cicatiello, A.G., Pagliarulo, C., Talà, A., Scaglione, E., Sammartino, J.C., Bucci, C., Alifano, P.* and Salvatore, P.*

The fitness cost of rifampicin-resistance in Neisseria meningitidis: mechanisms associated with RpoB H553Y mutation by an in vitro study.

Antimicrob. Agents Chemother. 59: 7637-7649 (2015)

*Corresponding authors

 

A96. Delle Side, D., Giuffreda, E., Tredici, S.M., Talà, A., Pennetta, C. and Alifano, P.

Quorum sensing: complexity in the bacterial world.

Chaos Solitons Fractals 81: 551-555 (2015)

 

A97. Rizzo, L., Fraschetti, S., Alifano, P., Pizzolante, G. and Stabili, L.

The alien species Caulerpa cylindracea and its associated bacteria in the Mediterranean Sea.

Mar. Bio. 163:4 (2016)

 

A98. Rizzo, L., Fraschetti, S., Alifano, P., Tredici, S.M.. and Stabili, L.

Association of Vibrio community with the Atlantic Mediterranean invasive alga Caulerpa cylindracea.

J. Exp. Mar. Bio. Ecol. 475: 129-136 (2016)

 

A99. Pontieri, P., Del Giudice F., Dimitrov, M.D., Pesheva, M.G., Venkov, P.V., Di Maro, A., Pacifico, S., Gadgil, P., Herald, T.J., Tuinstra, M.R., Pizzolante, G., Romano, R., Alifano, P. and Del Giudice, L.

Measurement of biological antioxidant activity of seven food-grade sorghum hybrids grown in a Mediterranean environment.

Aust. J. Crop Sci. 10: 904-910 (2016).

 

A100. D’Argenio, V., Petrillo, M., Pasanisi, D., Pagliarulo, C., Colicchio, R., Talà, A., de Biase, M.S., Zanfardino, M., Scolamiero, E., Pagliuca, C., Gaballo, A., Cicatiello, A.G., Cantiello, P., Postiglione, I., Naso, B., Boccia, A., Durante, M., Cozzuto, L., Salvatore, P., Paolella, G., Salvatore, F.* and Alifano, P.*

The complete 12 Mb genome and transcriptome of Nonomuraea gerenzanensis with new insights into its duplicated “magic” RNA polymerase.

Sci. Rep. 6: 18 (2016).

*Corresponding authors

 

A101. Pizzolante, G., Cordero, C., Tredici, S.M., Vergara, V., Pontieri, P., Del Giudice, L., Capuzzo, A., Rubiolo, P., Kanchiswamy, C.N., Zebelo, S.A., Bicchi, C., Maffei, M.E.* and Alifano, P.*

Cultivable gut bacteria provide a pathway for adaptation of Chrysolina herbacea to Mentha aquatica volatiles.

BMC Plant Biol. 17: 30 (2017)

*Corresponding authors

 

A102. Stabili, L., Rizzo, L., Pizzolante, G., Alifano, P and Fraschetti, S.

Spatial distribution of the culturable bacterial community associated with the invasive alga Caulerpa cylindracea in the Mediterranean Sea.

Mar. Environ. Res. 125: 90-98 (2017).

 

A103. Pontieri, P., Troisi, J., Boffa, A., Del Giudice, F., Chessa, A.L., Pizzolante, G., Romano, R., Alifano, P. and Del Giudice, L.

Nutrient, fatty acid and mineral composition of selected white food-grade sorghum hybrids grown in a Mediterranean area of Southern Italy.

Maydica 62.1: M5 (2017).

 

A104. Stabili, L., Pizzolante, G., Morgante, A., Nonnis Marzano, C., Longo, C., Aresta, A.M., Zambonin, C., Corriero, G. and Alifano, P.

Lindane bioremediation capability of bacteria associated with the demosponge Hymeniacidon perlevis.

Mar. Drugs 15: 108 (2017).

 

A105. Fondi, M., Pinatel, E., Talà, A., Damiano, F., Consolandi, C., Mattorre, B., Fico, D., Testini, M., De Benedetto, G.E., Siculella, L., De Bellis, G., Alifano, P.* and Peano, C.*

Time-resolved transcriptomics and constraint-based modeling identify system-level metabolic features and overexpression targets to Increase spiramycin production in Streptomyces ambofaciens.

Front. Microbiol. 8: 835 (2017)

*Corresponding authors

 

A106. Rizzo, L., Pusceddu, A., Stabili, L., Alifano, P. and Fraschetti, S.

Potential effects of an invasive seaweed (Caulerpa cylindracea, Sonder) on sedimentary organic matter and microbial metabolic activities.

Sci. Rep. 7: 12113 (2017)

 

A107. Moffa, M., Pasanisi, D., Scarpa, E., Marra, A.R., Alifano, P. and Pisignano, D.

Enhancement of secondary metabolite production from industrially relevant bacteria by organic nanofibers.

Biotechnology J. 2017:1700313. doi: 10.1002/biot.201700313 (2017)

 

A108. Delle Side, D., Nassisi, V., Pennetta, C., Alifano, P., Di Salvo, M., Talà, A., Chechkin, A., Seno, F., Trovato, A.

Bacterial bio-luminescence onset and quenching: a dynamical model for a Quorum Sensing mediated property.

Royal Soc. Open Sci. 4:171586 (2017)

 

A109. Stabilli, L., Gravili, C., Pizzolante, G., Lezzi, M:, Tredici, S.M., De Stefano, M. and Alifano P. Aglaophenia octodonta (Cnidaria, Hydrozoa) and the associated microbial community: a cooperative alliance?

Microb. Ecol76:258-271 (2018)

 

A110. Calcagnile, M., Bettini, S., Damiano, F., Talà, A., Tredici, S.M., Pagano, R., Di Salvo, M., Siculella, L., Fico, D., De Benedetto, G.E., Valli, L., and Alifano, P.

Stimulatory effects of methyl-b-cyclodextrin on spiramycin production and physical-chemical characterization of nonhost@guest complexes.

ACS Omega 3:2470-2478 (2018)

 

A111. Di Salvo, M., Pinatel, E., Talà, A., Fondi, M., Peano, C., and Alifano, P.

G4PromFinder: an algorithm for predicting transcription promoters in GC-rich bacterial genomes based on AT-rich elements and G-quadruplex motifs.

BMC Bioinformatics 19:36 (2018).

 

A112. Tredici, S.M., Buccolieri, A., Tanini, L., Calcagnile, M., Manno, D., and Alifano, P.

Calcite-forming Bacillus licheniformis thriving on underwater speleothems of a hydrothermal cave.

Geomicrobiol. J. 35:804-817 (2018)

 

A113. Talà, A., Damiano, F., Gallo, G., Pinatel, E., Calcagnile, M., Testini, M., Fico, D., Rizzo, D., Sutera, A., Renzone, G., Scaloni, A., De Bellis, G., Siculella, L., De Benedetto, G.E., Puglia, A.M., Peano, C., and Alifano, P.

Pirin: a novel redox-sensitive modulator of primary and secondary metabolism in Streptomyces.

Metab. Eng. 48:254-268 (2018)

 

A114. Pizzolante, G., Durante, M., Rizzo, D., Di Salvo, M., Tredici, S.M., Tufariello, M., De Paolis, A., Talà, A., Mita, G., Alifano, P.* and De Benedetto, G.E.*

Characterization of two Pantoea strains isolated from extra-virgin olive oil.

AMB Express 8:113 (2018)

*Corresponding authors

 

A115. Pontieri, P., Hartings, H., Di Salvo, M., Massardo, D.R., De Stefano, M., Pizzolante, G., Romano, R., Troisi, J., Del Giudice, A., Alifano, P. and Del Giudice L.

Mitochondrial ribosomal proteins involved in tellurite resistance in yeast Saccharomyces cerevisiae.

Sci. Rep. 8:12022 (2018)

 

A116. Colicchio, R., Pagliuca, C., Ricci, S., Scaglione, E., Grandgirard, D., Masouris, I., Farina, F., Pagliarulo, C., Mantova, G., Paragliola, L., Leib, S.L., Koedel, U., Pozzi, G., Alifano, P. and Salvatore, P.

Virulence traits of serogroup C meningococcus and isogenic cssA mutant, defective in surface-exposed sialic acid, in a murine model of meningitis.

Infect. Immun. (2019) 87(4). pii: e00688-18.

 

A117. Di Salvo, M., Puccio, S., Peano, C., Lacour, S., and Alifano, P.

RhoTermPredict: an algorithm for predicting Rho-dependent transcription terminators based on Escherichia coli, Bacillus subtilis and Salmonella enterica databases.

BMC Bioinformatics 20:117 (2019)

 

A118. Pontieri, P., troisi, J., Bean, S.R., Tilley, M., Di Salvo, M., Boffa, A., Pignone, D., Del Giudice, F., Alifano, P., and Del Giudice, L.

Comparison of extraction methods for isolating kafirin protein from food-grade sorghum flour.

Aust. J. Crop Sci. (2019) [In press]

 

A119. Di Salvo, M., Calcagnile. M., Talà, A., Tredici, S.M., Maffei, M.E., Schönrogge, K., Barbero, F., and Alifano, P.

The microbiome of the Maculinea-Myrmica host-parasite interaction.

Sci. Rep. 8:12022 (2019) [In press]

 

Reviews su riviste con Comitato di Redazione internazionale

 

R1. Alifano, P., Bruni, C.B. and Carlomagno, M.S.

Control of mRNA processing and decay in prokaryotes.

Genetica 94: 157-171 (1994).

 

R2. Alifano, P., Fani, R., Liò, P., Lazcano, A., Bazzicalupo, M., Carlomagno, M.S. and Bruni, C.B.

Histidine biosynthetic pathway and genes: structure, regulation and evolution.

Microbiol. Rev. 60: 44-69 (1996).

*On March 01, 2007 this publication was renamed Microbiology and Molecular Biology Reviews.

 

R3. Alifano, P. and Talà, A.

Microbes at work in perfumery: odorous compounds from free-living and symbiotic bacteria living on plants and humans.

FRAGRANCES - Supplement to HPC today 1: 20-29 (2010).

 

R4. Bucci, C., Alifano, P. and Cogli, L.

The role of rab proteins in neuronal cells and in the trafficking of neurotrophin receptors.

Membranes (Basel) 4: 642-677 (2014).

 

R5. Alifano, P., Palumbo, C., Pasanisi, D. and Talà, A.

Rifampicin-resistance, rpoB polymorphism and RNA polymerase genetic engineering.

J. Biotechnol. 202: 60-77 (2015).

 

 

Libri ed Articoli su libri

 

L1. Manna, F., Massardo, D.R., Wolf, K., Luccarini, G., Carlomagno, M.S., Rivellini, F., Alifano, P. and Del Giudice, L.

A tRNA gene mapping within the chloroplast rDNA “cluster” is differentially expressed during the development of Daucus carota.

Current Plant Science and Biotechnology in Agriculture. Current Issues in Plant Molecular and Cellular Biology, vol. 22, p. 309-314. Edit. M. Terzi, R. Cella, A. Falavigna. Klewer Academic Publishers, Dordrecht, the Netherlands. (1995).

 

L2. Grazioli, M.R., De Novellis, G., Maiorano, G., Laccetti, P. e Alifano, P.

HIV-RNA plasmatico e strategie terapeutiche.

Florio Edizioni Scientifiche, Napoli. (1998).

 

L3. Alifano, P., Bucci, C. and Lavitola, A.

Prokaryotic transcription as a target of antibiotic-therapy.

Recent Research Development in Antimicrobial Agents & Chemotherapy, 3(II): 471-481. Edit. Pandalai, S.G. Research Signpost, Trivandrum, India. (1999).

 

L4. Alifano, P., Nassisi, V., Pompa, P.P. and Conte, A.

New biological effects elicited by 308 nm coherent irradiation on microorganisms.

Collana Quaderni di Ottica e Fotonica: Current issue in: 40 anni di Laser, p. 173-176. Edit. Righini, G.C. e Forastiere, M.A. Centro Editoriale Toscano. (2001).

 

L5. Alifano, P.

Histidine Operon.

Brenner’s Encyclopedia of Genetics. 1st edition, p. 943-947.

Edit. Brenner, S., Miller, J.

Academic Press (Elsevier), New York. (2001).

 

L6. Alifano, P. and Fani, R.

Histidine Operon.

Brenner’s Encyclopedia of Genetics. 2nd edition, vol. 3, p. 471-476.

Edit. Maloy, S., Hughes, K.

Academic Press (Elsevier), New York. (2013).

 

L7. Alifano, P.

Fitness costs of antibiotic resistance.

Antibiotics: targets, Mechanisms and Resistance. 1st edition, chapter 5, p. 109-132.

Edit. Gualerzi, C.O., Brandi, L., Fabbretti, A., Pon, L.C.

Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA. (2014).

 

BREVETTI

Titolo: “Metodo per indurre una mutagenesi a mezzo di radiazione coerente ultravioletta.”
Titolare: Università degli Studi di Lecce
Inventori: Pietro Alifano, Vincenzo Nassisi
Numero e data priorità: RM2005A000482 del 26.09.2005

 

 

Titolo: Fibre elettrofilate per la crescita e l’incremento di produttività di microorganismi

Titolare: Università degli Studi di Lecce

Inventori: Maria Moffa, Daniela Pasanisi, Elisa Scarpa, Anna Rita Marra, Pietro Alifano, Dario Pisignano

Numero e data deposito:  102015000071031 del 10.11.2015

 

 

Temi di ricerca

PATOGENICITA' BATTERICA

Basi genetiche e molecolari della patogenicità di Neisseria meningitidis (dal 1998)

Meccanismi genetici e molecolari responsabili della variazione genetica di N. meningitidis:

  • Meccanismi responsabili della variazione di fase
  • Sistema di riparazione dell’appaiamento errato (MR) e variazione di fase
  • Fenotipo virulento e meningococchi mutatori naturali (MR-difettivi)
  • Meccansimi responsabili della variazione antigenica
  • Ricombinazione e variazione antigenica
  • Meningococchi con alterazioni naturali nel sistema RecBCD di ricombinazione

La fase intracellulare del ciclo infettivo di N. meningitidis:

  • Ruolo della capsula come meccanismo di difesa nei confronti dei peptidi anti-microbici
  • Meccanismi di fuoriuscita dal vacuolo di internalizzazione e dalle cellule infettate: evidenze a favore della presenza di lisine meningococciche
  • Adattamento metabolico e ruolo del trasporto e metabolismo del L-glutammato nella sopravvivenza/crescita intracellulare
  • Meccanismi di difesa dai danni ossidativi e ruolo della proteina PriA nella ripresa di forche replicative arrestate

Nuovi modelli per lo studio della virulenza di N. meningitidis:

  • Modelli di meningite in topi “outbred”
  • Modelli di batteriemia in ratti neonati
  • Dyctyostelium discoideum come ospite per la ricerca di fattori di virulenza evolutivamente conservati


BIOTECNOLOGIE MICROBICHE

Identificazione di nuovi target di antibiotico-terapia (dal 1998)

Trascrizione batterica come "target" di antibiotico-terapia:

  • Meccanismo d'azione dell'antibiotico biciclomicina
  • Caratterizzazione di un nuovo inibitore del fattore di terminazione Rho

Miglioramento genetico di ceppi produttori di antibiotici (dal 2002)

Incremento della produzione dell’antibiotico lipo-glico-peptidico A40926 da parte dell’attinomicete Nonomuraea ATCC 39727:

  • Influenza delle condizioni nutrizionali sulla crescita e sulla produzione di A40926 da parte di Nonomuraea sp. ATCC 39727
  • Metabolismo respiratorio in Nonomuraea sp. ATCC 39727
  • Le due RNA polimerasi di Nonomuraea sp. ATCC 39727 e il miglioramento genetico del ceppo

L’ingegnerizzazione dell’RNA polimerasi finalizzata al miglioramento genetico e allo screening  per la ricerca di nuovi metaboliti:

  • Costruzione di ceppi di Saccharopolyspora erythraea alto-produttori di eritromicina mediante modifica, per mutagenesi-selezione o per ingegneria genetica, dell’RNA polimerasi
  • Costruzione di ceppi di Amycolatopsis mediterranaea alto-produttori di rifampicina mediante modifica, per mutagenesi-selezione o per ingegneria genetica, dell’RNA polimerasi
  • Costruzione di ceppi di Actinoplanes teichomyceticus alto-produttori di teicoplanina mediante modifica, per mutagenesi-selezione o per ingegneria genetica, dell’RNA polimerasi
  • Screening di librerie microbiche per la ricerca di metaboliti secondari di potenziale interesse industriale mediante trasferimento di geni codificanti RNA polimerasi “stringenti”


Ottimizzazione del processo di fermentazione del tabacco per sigari (dal 2003)

Analisi della biodiversità microbica:

  • Identificazione delle singole componenti microbiche presenti nel sistema
  • Determinazione delle condizioni colturali in vitro
  • Analisi dinamica del processo di fermentazione

Monitoraggio microbiologico del processo fermentativo:

  • Definizione di indicatori di qualità microbiologica del tabacco fermentato
  • Sviluppo di standard per la certificazione del prodotto
  • Riduzione del contenuto in nitrosammine tabacco-specifiche


MICROBIOLOGIA AMBIENTALE

Studio dell’associazione tra vibrioni luminosi e organismi marini (dal 2005)

  • Isolamento e caratterizzazione morfologica, biochimica e filogenetica di vibrioni luminosi associati ad alcune specie di idrozoi marini.

Caratterizzazione dei batteri guainati Crenothrix polyspora e Clonothrix fusca (dal 2005)

  • Caratterizzazione morfologica, biochimica e filogenetica dei batteri guainati filamentosi Crenothrix polyspora (Cohn, 1870) e Clonothrix fusca (Roze, 1896)
  • Caratterizzazione biochimica di C. polyspora e C. fusca, gamma-porteobatteri in grado di utilizzare metano e derivati come unica finte di carbonio

Studio dei batteri associati alla radice di Vetiveria zizanoides (dal 2005)

  • Isolamento e caratterizzazione morfologica, biochimica e filogenetica di batteri associati alla radice di Vetiveria zizanoides (var. L Nash)
  • Ruolo diretto dei batteri della radice di Vetiver nella produzione dell’olio essenziale
  • Manipolazione dell’olio essenziale di Vetiver mediante biotrasformazione ad opera dei batteri della radice di Vetiver


MUTAGENESI

Genotissicità delle radiazioni “near-UV” (dal 2001)

  • Analisi della genotossicità delle radiazioni “near-UV” a 308 nm sviluppata da laser ad eccimeri XeCl
  • Sviluppo di un sistema innovativo di mutagenesi mediante utilizzo di radiazione coerente generata da laser XeCl a 308 nm
  • Riparazione del DNA e cancro: saggi di funzionalità in sistemi microbici
  • Sviluppo di sistemi microbici per l’analisi della funzionalità di alleli umani polimorfici in geni del MR (mismatch repair), utili per la prevenzione della HNPCC (Hereditary nonpolyposis colorectal cancer)